PPGBIONF - Mestrado em Bioinformática
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Navegando PPGBIONF - Mestrado em Bioinformática por Assunto "Arapaima gigas"
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Dissertação Análise exploratória do Transcriptoma do Arapaima gigas(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2020-09-29) Martins, Danilo Lopes; Souza, Jorge Estefano Santana de; ; ; http://lattes.cnpq.br/6248158300785155; Dalmolin, Rodrigo Juliani Siqueira; ; Santos, Sidney Emanuel Batista dos;O Arapaima gigas, conhecido como pirarucu, é considerado um dos maiores peixes de água doce do mundo, com um notável interesse no mercado da aquicultura devido às suas características biológicas particulares, incluindo o seu rápido crescimento nos seus primeiros anos de vida. Nos últimos anos, apesar da disponibilização massiva de dados advindos de projetos de sequenciamento, poucos foram os que abordaram o táxon que inclui essa espécie. O presente estudo foi desenvolvido com a finalidade de caracterizar o transcriptoma dessa espécie, através de uma análise exploratória transcricional e dos padrões de expressão gênica relacionados a perfis genes tecido-específicos, além de evidenciar genes sexo-específicos. Por meio do sequenciamento do cDNA de 12 amostras de tecidos diferentes do pirarucu, montou-se um transcriptoma de referência com a estratégia de montagem guiada pelo genoma referência. Foram analisados os padrões de expressão gênica para os diferentes tecidos de macho e fêmea de espécimes adultos. Pipelines como STAR, SortMeRNA, Braker2, Diamond e mygene para a montagem e anotação gênica foram utilizados, assim como as ferramentas clusterProfiler e KEGG para análise de enriquecimento funcional dos genes e o animalTFDB para identificação de fatores de transcrição. Neste estudo evidenciamos um conjunto de produtos gênicos anotados que servem como potenciais candidatos a produtos biotecnológicos, por estarem envolvidos nos fenótipos individuais dos tecidos, processos de dimorfismo sexual, e na regulação de processos que podem explicar suas características morfológicas únicas. Esse estudo também podem auxiliar substancialmente na condução de análises posteriores.Dissertação Investigação exploratória dos fatores genéticos associados ao sistema de determinação sexual em Arapaima gigas (Pirarucu)(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2020-03-30) Cavalcante, Renata Lilian Dantas; Sakamoto, Tetsu; Souza, Jorge Estefano Santana de; ; ; ; Souza, Gustavo Antonio de; ; Santos, Sidney Emanuel Batista dos;O Pirarucu, (Arapaima gigas) é o maior peixe ósseo de água doce do mundo, podendo pesar por volta de 200 quilogramas e medir cerca de 3 metros de comprimento quando adulto. Pertence à família Arapaimidae, ordem dos Osteoglossiformes e tem como habitat natural a Bacia amazônica. Devido ao seu grande porte, à sua carne conter baixo conteúdo de gordura e pequeno número de espinhas, Arapaima gigas tornou-se uma espécie de especial interesse na pesca. Um dos problemas relacionados à sua exploração pesqueira, principalmente relacionado ao cultivo em cativeiro, é que não se conhecem ao certo os mecanismos genéticos ligados a sua diferenciação sexual. A maturação sexual em Arapaima gigas ocorre tardiamente, por volta do terceiro ao quinto ano de vida, e o dimorfismo sexual não é uma característica presente nesta espécie. Para um manejo mais sustentável, é de suma importância buscar um método eficaz e pouco invasivo para diferenciar sexualmente os indivíduos juvenis de Arapaima gigas. Para isso, o estabelecimento de um marcador genético molecular relacionado com a diferenciação sexual seria uma vantajosa ferramenta. Análises anteriores do genoma de Arapaima gigas não obtiveram resultados significativos em determinar genes ou grandes regiões genômicas associadas ao sistema de determinação sexual destes indivíduos. Neste estudo, propusemos realizar diferentes abordagens em Bioinformática, que não são tão usuais para a identificação de diferenças genômicas entre indivíduos de sexo oposto, com o intuito de identificar regiões repetitivas em excesso ou em falta em um dos sexos ou pequenas regiões presentes em apenas um sexo. Para isso, utilizamos dados genômicos de seis representantes adultos de Arapaima gigas, sendo três machos e três fêmeas, além do genoma referência de Pirarucu ID: 12404 depositado no NCBI. Após realizados esses estudos exploratórios no genoma de Arapaima gigas, notou-se a existência de k-mers que estão representados de maneira distinta entre os indivíduos de sexo oposto. E não só a existência desses k-mers como também a identificação de 22 scaffold’s onde ocorrem existência de haploidias, que se fazem presentes em um sexo e com cenário antagônico no outro. Ademais, foi realizada a identificação do painel de microssatélites em Arapaima gigas, onde foi computado a existência de 95.485 microssatélites. O conhecimento dessas regiões de microssatélites é de suma importância para a continuação deste trabalho pois viabiliza sua utilização como marcadores moleculares de regiões genômicas, que aliado principalmente as porções de haploidia existentes em apenas um dos sexos de Arapaima gigas facilitaria técnicas experimentais de isolamento de sequências de interesse. As diferentes proporções na contagem de k-mers e sítios de heterozigose (haploidia) podem indicar a existência de fatores genéticos, que se comprovados através de experimentos na bancada, podem auxiliar na sexagem dos indivíduos de Arapaima gigas.