Navegando por Autor "Viana, Jéssika de Oliveira"
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Dissertação Investigação in silico de peptídeos de proteínas do sistema nervoso como candidatos de mimetismo molecular na síndrome de Guillain-Barré e na esclerose múltipla desencadeadas pelo vírus Epstein-Barr(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2023-10-20) Patrocínio, Helmut Kennedy Azevedo do; Lima, João Paulo Matos Santos; https://orcid.org/0000-0002-6113-8834; http://lattes.cnpq.br/3289758851760692; http://lattes.cnpq.br/0619410208754469; Rodrigues Neto, João Firmino; Viana, Jéssika de Oliveira; Santos, Ândrea Kely Campos Ribeiro dosA Síndrome de Guillain-Barré (SGB) e a esclerose múltipla são doenças autoimunes associadas a resposta imunológica contra autoantígenos do sistema nervoso periférico (SNP) e central, respectivamente. A maioria dos estudos sobre a imunopatologia da SGB investigam a reação cruzada entre antígenos de gangliosídeos da bainha de mielina e carboidratos da bactéria Campylobacter jejuni. Entretanto, a SGB apresenta um espectro de subtipos e, particularmente, a forma desmielinizante possui poucas evidências de relação com C. jejuni ou de autoimunidade contra gangliosídeos. Já a imunopatologia da esclerose múltipla é mais conhecida e diversos autoantígenos proteicos foram relatados. Como o vírus EpsteinBarr (EBV) pode representar um fator de risco potencial tanto para a esclerose múltipla quanto para a forma desmielinizante da SGB, a presente investigação visa identificar resíduos cruciais entre potenciais epítopos de linfócitos T CD4+ do EBV e proteínas do sistema nervoso como um meio de sugerir como a infecção por este vírus pode contribuir para a patogênese de doenças. Bancos de dados biológicos foram usados para a seleção de proteínas abundantes no sistema nervoso, proteínas imunogênicas do EBV e haplótipos de HLA. Também foram utilizadas ferramentas computacionais para predição de peptídeos ligantes do HLA e de imunogenicidade. Um algoritmo em linguagem Python foi desenvolvido para comparação de identidade entre os resíduos dos nonâmeros. Foram encontradas 10 proteínas do sistema nervoso e 28 do EBV, as quais foram usadas na predição de peptídeos ligantes de 21 HLAs comuns na população mundial. Foram localizados ao todo 1411 haplótipos, os quais se distribuem entre 51 pares de HLAs. Os nonâmeros das proteínas do EBV e proteínas da mielina foram combinados em pares e comparados quanto a identidade em resíduos críticos para a interação com o receptor de células T (TCR). Para tal comparação foram propostos três critérios de seleção de acordo com a relevância de cada contato para interação TCR-peptídeo-MHC. O contato principal deve estar localizado na posição P5, enquanto as posições P2, P3 e P8 são secundárias e P4, P6 e P7 são terciárias. A proteína Periaxina, que nunca foi estudada como fonte de autoantígenos, apresentou a maior quantidade de pares de nonâmeros entre as proteínas do SNP, 35. Quatro pares de nonâmeros de APLP1, dois de CNP e dois da MBP ligam-se a alelos do haplótipo DR-15, conhecido como fator de risco para a esclerose múltipla. A nova abordagem aqui proposta baseada na identidade de sequência em resíduos críticos de contato do TCR revelou que vários peptídeos derivados de proteínas do sistema nervoso e do EBV compartilham identidade nesses resíduos, sugerindo a possibilidade de reatividade cruzada entre eles. Os pares de nonâmeros aqui encontrados podem subsidiar a investigação de autoantígenos em experimentos laboratoriais.Tese Triagem virtual e identificação do potencial biológico de derivados espiro-acridínicos(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2023-06-16) Viana, Jéssika de Oliveira; Barbosa, Euzébio Guimarães; http://lattes.cnpq.br/3197108792266393; http://lattes.cnpq.br/0754635433519696; Nascimento, Igor José dos Santos; Alencar Filho, Edilson Beserra de; Lima, João Paulo Matos Santos; https://orcid.org/0000-0002-6113-8834; http://lattes.cnpq.br/3289758851760692; Silva, Marcelo de Sousa daCompostos bioativos têm sido estudados de modo a oferecer melhor eficácia e seletividade contra diversas doenças, representando um cenário promissor no desenvolvimento de fármacos. Recentemente uma série de derivados acridínicos foi sintetizada e exibiu atividade antileishmania. No entanto, o conceito de “um medicamento, uma doença, um alvo” nem sempre é verdadeiro, pois compostos com aplicações terapêuticas previamente descritas podem atuar em mais de um alvo. Baseado nisto, este trabalho objetivou identificar, por triagem virtual inversa (IVS) baseada no receptor, o provável mecanismo de ação de derivados espiro-acridínicos. Adicionalmente, o mecanismo de ação foi comprovado por meio de ensaios enzimáticos in vitro. Utilizando tais abordagens, o capítulo I deste trabalho apresenta a identificação, por meio de metodologias computacionais, do alvo pteridina redutase 1 (PTR1) de L. major como potencial alvo para os compostos espiro-acridínicos. Adicionalmente, encontramos a enzima quitinase B1 (CHIB1) de Aspergillus fumigatus como potencial alvo contra Aspergilose. Para PTR1, os ensaios de docking e dinâmica molecular demonstraram a alta estabilidade do composto 1 no sítio ativo da enzima. Para quitinase, outros derivados foram submetidos a docking e dinâmica molecular, identificando 3 compostos como os de melhor perfil para o alvo. No capítulo II, ensaios in vitro foram realizados para comprovar experimentalmente a ação dos derivados espiro-acridínicos nas enzimas estudadas. Para PTR1, os ensaios in vitro demonstraram KD de 33,1 µM para o melhor composto, enquanto para quitinase o melhor composto apresentou um IC50 de 0.6 ng/µL. Portanto, o presente trabalho demonstrou a alta eficiência do IVS como uma abordagem de predição de alvos. Adicionalmente, o programa permitiu caracterizar sua potência, modalidade de inibição e perfil de interação com seu alvo terapêutico. Desta forma, os derivados espiro-acridínicos podem atuar como inibidores multi-alvo da PTR1 de Leishmania e quitinase de fungos.