Navegando por Autor "Teixeira, Diego Gomes"
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Dissertação Diversidade genômica de isolados com origem clínica distinta de Leishmania infantum do Estado do Rio Grande do Norte(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2015-07-02) Teixeira, Diego Gomes; Lima, João Paulo Matos Santos; Jerônimo, Selma Maria Bezerra; ; http://lattes.cnpq.br/7120263570947836; ; http://lattes.cnpq.br/3289758851760692; ; http://lattes.cnpq.br/8831844175717237; Shaw, Jeffrey; ; Souza, Sandro José de; ; http://lattes.cnpq.br/8479967495464590A Leishmaniose é uma doença infecciosa que até o momento não possui uma vacina capaz de eliminar o parasita do hospedeiro, sendo tratada apenas por meio de drogas pouco eficientes e de alto custo. Essa doença normalmente se apresenta formando ulcerações na pele, mucosas e vísceras. Os países mais atingidos por esse parasita encontram-se nas regiões tropicais do planeta, e afeta aproximadamente dois milhões de pessoas a cada ano. Acredita-se que no continente americano a espécie Leishmania infantum tenha sido introduzida pelos imigrantes durante o processo de colonização dos países da América Central e do Sul. Nas últimas décadas, estudos vêm mostrando que a expansão urbana associada com o fluxo de pessoas para regiões muito povoadas estão contribuindo para uma expansão no número de reservatórios para o parasita, influenciando uma maior variação de suas características gênicas. Tais variações genéticas vêm sendo associadas ao perfil sintomatológico dos parasitas em seus hospedeiros, principalmente humanos. No estado do Rio Grande do Norte, Brasil, foram isolados e sequenciados o genoma de 20 cepas de L. infantum as quais apresentaram diferentes padrões sintomatológicos (sintomático e assintomático) e com diferentes períodos de isolamento, 5 na década de 1990 e 15 nos anos recentes. Apesar dos diferentes padrões clínicos o genoma dos isolados apresentaram alto grau de identidade entre si, até mesmo os isolados da década de 90 quando comparados com os recentes. Entretanto, as poucas variações foram suficientes para a identificação de padrões de agrupamentos dos isolados por meio de análises de componentes principais, mostrando que os isolados dos anos recentes se encontram mais homogêneos na população. Análises de reconstrução filogenética utilizando métodos Bayesianos foram realizadas e observou-se a manutenção nos padrões de agrupamento já vistos nos resultados anteriores, além disso foi gerado um expanded bayesian skyline plot por onde foi possível constatar o crescimento da população genômica de L. infantum quando comparado com a década de 1990. Foram observadas alterações no número de cópias cromossômicas em todos os isolados, entretanto apenas o cromossomo 31 se apresentou como exclusivamente trissômico. O presente trabalho apresenta indícios de padrões nos genomas de isolados de L. infantum relacionando-os às características clínicas dos hospedeiros.TCC Investigação in silico de epítopos de proteínas do sistema nervoso periférico para o entendimento da síndrome de Guillain-Barré desencadeada pelo vírus Epstein-Barr(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2021-04-20) Patrocínio, Helmut Kennedy Azevedo do; Lima, João Paulo Matos Santos; Teixeira, Diego Gomes; Fiúza, Tayná da SilvaA Síndrome de Guillain-Barré (SGB) é uma doença autoimune causada por uma resposta imunológica contra autoantígenos do sistema nervoso (SNP) periférico. A maioria dos estudos sobre a imunopatologia da SGB investigam a reação cruzada entre antígenos de gangliosídeos da bainha de mielina e carboidratos da bactéria Campylobacter jejuni. Entretanto, a SGB apresenta um espectro de subtipos e, particularmente, a forma Polirradiculoneuropatia Aguda Desmielinizante Inflamatória (AIDP) possui poucas evidências de relação com C. jejuni ou de autoimunidade contra gangliosídeos. Neste trabalho, utilizou-se a estratégia de busca de literatura e pesquisa em banco de dados biológicos para seleção de proteínas da bainha de mielina do SNP e proteínas imunogênicas do vírus Epstein-Barr, bem como Antígenos Leucocitários Humanos (HLAs) associados ao subtipo AIDP. Também foram utilizadas ferramentas computacionais para predição de ligantes do HLA, predição de produção de citocinas e análise de homologia entre nonapeptídeos de ancoramento. Os nonapeptídeos de ancoramento das proteínas do EBV e proteínas da mielina foram comparados quanto a homologia em ao menos quatro resíduos de ligação ao TCR, porque essa é a quantidade média de contatos entre o TCR e o peptídeo. A condição de seleção foi que um resíduo deve estar localizado na posição P5, ao menos um nas posições P2 ou P8 e os restantes em P3, P4, P6 ou P7. De acordo com esses critérios, quatro proteínas (MAG, MBP, Periaxina e P0) apresentam peptídeos que possuem homologia com peptídeos do EBV. A predição de produção de citocinas mostrou que alguns pares de peptídeos homólogos são estimuladores das citocinas interleucina 4 (IL-4) ou Interferon-gama (IFN-γ) ou de ambas, o que é um indicativo da capacidade de ativar uma resposta de células T helper 1 (Th1) ou T helper 2 (Th2).Tese Nadando contra a corrente: diminuição dos marcadores inflamatórios em pessoas assintomáticas infectadas pelo vírus Chikungunya(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2020-02-17) Teixeira, Diego Gomes; Jeronimo, Selma Maria Bezerra; Lima, Joao Paulo Matos Santos; ; ; ; Scortecci, Katia Castanho; ; Souza, Jorge Estefano Santana de; ; Filho, Edgar Marcelino de Carvalho; ; Schriefer, Nicolaus Albert Borges;O vírus Chikungunya (CHIKV) é um Alphavirus, transmitido por mosquitos, que reemergiu nos últimos vinte anos. A infecção por CHIKV pode evoluir com um amplo espectro de sintomas, variando de infecção assintomática, doença leve à doença grave, como artrite debilitante ou encefalites. O objetivo do presente estudo foi investigar a expressão gênica global associada a diferentes desfechos da infecção pelo CHIKV no primeiro surto ocorrido no Rio Grande do Norte em 2016. Amostras de sangue total foram coletadas de pessoas infectadas e de pessoas não expostas a CHIKV. Infecção por CHIKV foi determinada considerando os ensaios por RT-qPCR ou sorológicos. Entre as pessoas estudadas, 4 estavam na fase aguda, 6 na fase de recuperação ou sintomas leves, e 2 eram de pessoas com infecção assintomáticas. O RNA-seq foi realizado a partir de amostras de sangue total, e os fragmentos sequenciados foram mapeados por alinhamento aos genomas humano ou do CHIKV. As bibliotecas tiveram uma média de 96% de mapeamento para regiões de genes do genoma humano. Três amostras de pessoas na fase aguda continham sequências que foram mapeadas ao genoma do CHIKV. O número de genes diferencialmente expressos (GDEs) entre os transcriptomas dos grupos Assintomático, Agudo e Não-Agudo foram, respectivamente, 490, 1463 e 370. Os DEGs do grupo Agudo estavam associados à resposta do interferon tipo I com a superexpressão de STAT1, STAT2 e uma série de outros genes estimulados por interferon (ISGs), como RSDA2 e IRF7. Já a quantidade de ISGs diferencialmente expressos pelo grupo de pessoas com infecção assintomática é reduzo, o que pode está relacionado a uma resposta fraca por interferon de tipo I. Um outro destaque dentre o conjunto de GDEs das pessoas assintomáticas, é a subexpressão do gene codificante da Granzima A (GZMA), um dos principais promotores da inflamação na artrite. As análises de enriquecimento com termos do Gene Ontology, utilizando os GDEs, mostram que o grupo de pessoas na fase aguda da doença apresentam alta expressão em genes relacionados ao processo de eliminação do vírus, resposta inflamatória e controle da replicação celular. Uma análise de de enriquecimento por anotação funcional do Ingenuity Pathway Analysis mostra que os GDEs no grupo de pessoas assintomáticas estão envolvidos na repressão da ativação de leucócitos e na diminuição do movimento celular de monócitos e leucócitos. Nossos achados sugerem que um estado inflamatório está presente durante a infecção aguda por CHIKV sintomático, enquanto há uma diminuição nesses marcadores durante a infecção assintomática.TCC Prevalência da infecção assintomática por Leishmania em doadores de sangue de área endêmica para Leishmaniose Visceral(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2023-07-19) Pedrosa, Iago Matheus Bezerra; Jeronimo, Selma Maria Bezerra; Teixeira, Diego Gomes; https://orcid.org/0000-0002-3290-9468; http://lattes.cnpq.br/8831844175717237; https://orcid.org/0000-0002-4784-9904; http://lattes.cnpq.br/7120263570947836; https://orcid.org/0000-0002-0299-2977; http://lattes.cnpq.br/5992345314828986; Martins, Daniella Regina Arantes; http://lattes.cnpq.br/3695151190501921; Souza, Iara Dantas de; https://orcid.org/0000-0002-2550-6150; http://lattes.cnpq.br/8983310940285796Introdução: A Leishmaniose Visceral (LV) foi tradicionalmente considerada uma doença rural no Nordeste do Brasil. No entanto, desde a década de 1990 houve um aumento de sua incidência em áreas urbanas, acompanhado de alterações clínicas como o aparecimento de infecções assintomáticas. A identificação dessas infecções assintomáticas representa um desafio para os programas de controle da LV. Os bancos de sangue podem refletir o contexto epidemiológico, bem como auxiliar na identificação e acompanhamento desses casos. Objetivo: Estimar a taxa de infecção por Leishmania em doadores de sangue de uma área endêmica para LV. Método: Este é um estudo transversal realizado no Hemocentro do Rio Grande do Norte Dalton Cunha. A investigação foi conduzida com doadores de sangue voluntários durante o processo de doação no período de 07 de maio de 2020 a 19 de novembro de 2021. Para os voluntários que consentiram fornecer os dados, foram coletadas informações sociodemográficas, ambientais e histórico de saúde. Concomitantemente, foram coletadas amostras de 10mL de sangue venoso de todos os participantes e submetidas ao teste sorológico ELISA para Antígeno Solúvel de Leishmania. As amostras positivas para o teste sorológico foram submetidas ao teste qPCR para detecção de DNA de Leishmania. A análise estatística dos dados se deu mediante o software R, no qual foi aplicado modelo de regressão logística bivariada para avaliar a associação entre a infecção por Leishmania e as variáveis estudadas. Resultados: Um total de 1.307 doadores de sangue foram incluídos no estudo e rastreados para anticorpo Anti-Leishmania. As características sociodemográficas dos participantes foram registradas durante a coleta da amostra. O sexo masculino constituiu 63% (n= 827) dos participantes. As idades dos doadores variam de 17 a 68 anos, com média de idade de 35.2 anos e desvio padrão de 17.01. Identificamos 115 (8,8%, IC 95:7,4%-10,5%) doadores de sangue positivos para infecção por Leishmania por ELISA SLA, enquanto 37 (32,2%, IC 95%: 24,3%-41,2%) dos doadores soropositivos foram positivos para infecção por Leishmania por PCR KDNA7. Diferenças estatísticas significativas foram observadas entre o perfil de infecção e viagens nos últimos 12 meses (p= 0,003) e categoria de não escolarizado (p = 0,01). Os doadores sororeativos residiam em 15 municípios do estado. O município de Natal, concentrou a maioria dos casos (n= 70) de sorologia positiva, demonstrando que a positividade nessa população é de 10,1% (n=70, IC 95%: 8,1-12,6). Conclusão: Doadores de sangue de área endêmica para LV podem estar infectados com Leishmania, e consequentemente fortalecem a hipótese que avaliação de doadores de sangue oriundos em áreas endêmicas podem ser sentinelas para estimar a magnitude da infecção assintomática. Esses dados mostram também um risco potencial de transmissão de Leishmania via doação de sangue, conforme já documentado para outras áreas endêmicas para Leishmaniose Visceral.Artigo Whole genome sequencing of the Pirarucu (Arapaima gigas) supports independent emergence of major teleost clades(2018-07-05) Vialle, Ricardo Assunção; Souza, Jorge Estefano Santana de; Lopes, Katia de Paiva; Teixeira, Diego Gomes; Alves Sobrinho, Pitágoras de Azevedo; Ribeiro-dos-Santos, André M.; Furtado, Carolina; Sakamoto, Tetsu; Silva, Fábio Augusto Oliveira; Oliveira, Edivaldo Herculano Corrêa de; Hamoy, Igor Guerreiro; Assumpção, Paulo Pimentel; Ribeiro-dos-Santos, Ândrea; Lima, João Paulo Matos Santos; Seuánez, Héctor N.; Souza, Sandro José de; Santos, SidneyThe Pirarucu (Arapaima gigas) is one of the world's largest freshwater fishes and member of the superorder Osteoglossomorpha (bonytongues), one of the oldest lineages of ray-finned fishes. This species is an obligate air-breather found in the basin of the Amazon River with an attractive potential for aquaculture. Its phylogenetic position among bony fishes makes the Pirarucu a relevant subject for evolutionary studies of early teleost diversification. Here, we present, for the first time, a draft genome version of the A. gigas genome, providing useful information for further functional and evolutionary studies. The A. gigas genome was assembled with 103 Gb raw reads sequenced in an Illumina platform. The final draft genome assembly was approximately 661 Mb, with a contig N50 equal to 51.23 kb and scaffold N50 of 668 kb. Repeat sequences accounted for 21.69% of the whole genome, and a total of 24,655 protein-coding genes were predicted from the genome assembly, with an average of 9 exons per gene. Phylogenomic analysis based on 24 fish species supported the postulation that Osteoglossomorpha and Elopomorpha (eels, tarpons and bonefishes) are sister groups, both forming a sister lineage with respect to Clupeocephala (remaining teleosts). Divergence time estimations suggested that Osteoglossomorpha and Elopomorpha lineages emerged independently in a period of approximately 30 million years in the Jurassic. The draft genome of A. gigas provides a valuable genetic resource for further investigations of evolutionary studies and may also offer a valuable data for economic applications.