Navegando por Autor "Souza, Iara Dantas de"
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Tese Análise das alterações transcricionais sexo-específicas do transtorno depressivo maior(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2022-07-08) Souza, Iara Dantas de; Dalmolin, Rodrigo Juliani Siqueira; https://orcid.org/0000-0002-1688-6155; http://lattes.cnpq.br/4065178015615979; https://orcid.org/0000-0002-2550-6150; http://lattes.cnpq.br/8983310940285796; Franco, Glória Regina; Souza, Gustavo Antônio de; http://lattes.cnpq.br/1012629455821774; Lima, João Paulo Matos Santos; https://orcid.org/0000-0002-6113-8834; http://lattes.cnpq.br/3289758851760692; Pasquali, Matheus Augusto de BittencourtO transtorno depressivo maior (TDM) é um importante distúrbio neuropsiquiátrico com grande prevalência no Brasil, sendo caracterizado por persistente humor deprimido e/ou perda de prazer por pelo menos duas semanas. O TDM é uma condição incapacitante e que predispõe a outras patologias complexas, como doenças cardiovasculares, podendo até resultar em suicídio. O TDM é mais prevalente em mulheres do que em homens e observa-se diferenças anatômicas, imunológicas, neuronais e hormonais, as quais refletem diferentes prognósticos e sintomatologias entre os sexos. No entanto, não há consenso quanto às alterações transcricionais do TDM em homens e mulheres, bem como as implicações funcionais destas alterações no metabolismo celular. A maior parte dos estudos transcricionais do TDM tenta explicar a fisiopatologia do TDM buscando por alterações da expressão global dos genes. Entretanto as alterações podem ocorrer também em nível de transcrito, de modo que o processamento alternativo de transcritos pode estar alterado. O presente trabalho busca investigar as alterações transcricionais do TDM em homens e mulheres por meio da análise de expressão diferencial de genes (DGE), a análise de expressão diferencial de transcritos (DTE) e a análise do uso diferencial de isoformas (DTU) em amostras post-mortem de seis regiões cerebrais. O conjunto dos genes identificados em pelo menos uma das três abordagens foi chamado de genes transcricionalmente alterados (TAGs), os quais representam o perfil de alteração transcricional ampla do TDM. Ao todo, 1075 TAGs foram identificados principalmente nas regiões de córtex pré-frontal. Ainda, aproximadamente metade das alterações transcricionais ocorreram apenas em nível de transcrito. Verificamos uma quase ausência de sobreposição entre os genes alterados identificados em homens e mulheres, indicando que o perfil das alterações transcricionais do TDM, em nível de expressão global de genes e de transcritos, é distinto entre os sexos. Verificamos alterações nas vias de processamento e exportação de RNA mensageiro no córtex orbitofrontal de mulheres, além da alteração da expressão do gene DDX39B, um constituinte da maquinaria de processamento de RNA, em diferentes regiões cerebrais de homens e mulheres, respectivamente. Além disso, mostramos que o gene ATAT1 encontra-se alterado em múltiplas regiões cerebrais de mulheres e o gene ABR encontra-se alterado em múltiplas regiões cerebrais de homens, constituindo potenciais marcadores moleculares sexo-específicos para o TDM. Assim, nosso trabalho mostra que a perturbação na expressão gênica observada no TDM ocorre em nível de expressão global de genes e de seus transcritos.TCC Análise do transcriptoma de carcinoma renal de células claras baseada em RNAs não codificantes(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2022-07-22) Farias Filho, Epitácio Dantas de; Ferreira, Beatriz Stransky; Terrematte, Patrick Cesar Alves; 0000-0002-0385-0030; http://lattes.cnpq.br/4283045850342312; 0000-0003-4506-393X; http://lattes.cnpq.br/3142264445097872; 0000-0002-3865-5411; http://lattes.cnpq.br/4326200607523374; Torres, Taffarel Melo; 0000-0001-8626-520X; http://lattes.cnpq.br/2928579966249200; Souza, Iara Dantas de; 0000-0002-2550-6150; http://lattes.cnpq.br/8983310940285796O carcinoma renal de células claras é o subtipo mais comum entre os pacientes com câncer no sistema urinário e quando em metástase, apresenta uma baixa taxa de sobrevida. As alterações em nível de genoma e transcriptoma, especificamente dos mRNAs, já foram extensivamente analisadas e apenas nos últimos anos começaram a aparecer estudos mostrando a importância dos RNAs não-codificantes na regulação da expressão gênica. Desta forma, o objetivo deste estudo é investigar a atividade dos RNAs, com um foco nos não codificantes, no carcinoma renal de células claras, através da análise e integração de dados de pacientes do The Cancer Genome Atlas utilizando técnicas de bioinformática, analisando padrões dos pacientes da coorte, alterações genômicas e de transcriptoma. A análise exploratória mostrou que o estado de sobrevida dos pacientes está atrelado significativamente com o estadiamento da doença. A análise de expressão diferencial entre tecidos normais e tumorais, identificou 2.999 RNAs codificantes, 271 lncRNAs e 132 miRNAs, com um Log2FC = |2| e FDR < 0.01. A análise funcional dos genes diferencialmente expressos mostrou um enriquecimento de termos relacionados a vias oncológicas renais e doenças relacionadas ao rim. Por fim, a construção da rede de competição endógena, permitiu a identificação e visualização de alvos comuns entre 18 lncRNAs e 75 miRNAs. A partir de curvas de sobrevida com p-valor significativo associadas à expressão dos 18 lncRNAs pertencentes à rede, foi observado o comportamento inverso de dois lncRNAs, EPB41L4A-AS1 e SNHG15, que quando subexpressos se relacionam com pior e melhor prognóstico, respectivamente. Por fim, estudos na literatura mostram que estes lncRNAs apresentam características para prováveis biomarcadores.TCC Desenvolvimento de ferramentas para a análise de metagenomas(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2022-12-09) Cavalcante, João Vitor Ferreira; Dalmolin, Rodrigo Juliani Siqueira; 0000-0002-1688-6155; http://lattes.cnpq.br/4065178015615979; 0000-0001-7513-7376; http://lattes.cnpq.br/5714602163308583; Lima, João Paulo Matos Santos; https://orcid.org/0000-0002-6113-8834; http://lattes.cnpq.br/3289758851760692; Souza, Iara Dantas de; https://orcid.org/0000-0002-2550-6150; http://lattes.cnpq.br/8983310940285796A metagenômica é uma abordagem que envolve o estudo do conteúdo genético total de uma amostra ambiental, podendo o ambiente ser desde uma amostra de solo a uma biópsia humana - em suma, qualquer fonte de microorganismos. Dados metagenômicos podem ser gerados pela metodologia chamada sequenciamento (shotgun) de genoma completo (SGC), que consiste no sequenciamento de todos os fragmentos de DNA obtidos da amostra, independente da presença ou ausência de marcadores. A análise de dados de metagenomas shotgun na bioinformática compreende várias diferentes etapas, contendo tipicamente o pré-processamento das sequências obtidas, a classificação taxonômica dessas sequências, a anotação funcional dos genes presentes e a montagem dessas sequências fragmentadas - as leituras - em sequências contíguas. Para este fim, é selecionado um conjunto de ferramentas computacionais que consigam, a partir do dado bruto, obter resultados interpretáveis e que gerem novas descobertas biológicas. No entanto, a escolha do ferramental ainda é um desafio visto que é um fator de alto impacto na acurácia, na formatação e no tipo de identificador obtido no resultado final - que, consequentemente, influenciará na busca de uma resposta biológica. No trabalho atual, propomos o MEDUSA, um fluxo de trabalho modular abrangendo uma série de ferramentas, capaz de executar o pré-processamento das sequências, a classificação taxonômica, o alinhamento contra um banco de dados referência, a montagem das sequências e a anotação funcional dos genes. O processo de desenvolvimento do MEDUSA envolveu a seleção de ferramentas para cada uma dessas etapas através de comparações de suas performances, ou benchmarks, e também o desenvolvimento em si de novas ferramentas, como o annotate, que realiza a anotação funcional de identificadores obtidos no alinhamento, e o MicroView, que processa resultados da classificação taxonômica, produzindo um relatório interativo com métricas de qualidade e biodiversidade. Através da seleção e do desenvolvimento desse conjunto de ferramentas, buscamos fornecer à metagenômica uma metodologia customizável de fácil configuração e execução que se equipare ou supere as alternativas atuais.Dissertação Mapa metabólico da intoxicação por chumbo(2017-12-14) Souza, Iara Dantas de; Dalmolin, Rodrigo Juliani Siqueira; https://orcid.org/0000-0002-1688-6155; http://lattes.cnpq.br/4065178015615979; https://orcid.org/0000-0002-2550-6150; http://lattes.cnpq.br/8983310940285796; Lima, João Paulo Matos Santos; https://orcid.org/0000-0002-6113-8834; http://lattes.cnpq.br/3289758851760692; Castro, Mauro Antonio Alves; http://lattes.cnpq.br/6484877487662355; Amaral, Viviane Souza do; https://orcid.org/0000-0003-4942-8131; https://orcid.org/0000-0002-9326-9054; http://lattes.cnpq.br/4440806451383783Desde a antiguidade, o chumbo (Pb) vem sendo utilizado pela humanidade em virtude das suas propriedades físico-químicas, como maleabilidade, ductilidade, resistência à corrosão, baixo ponto de fusão e baixa condutividade elétrica. Entretanto, além de sua importância econômica, o chumbo possui uma importância quanto à saúde humana, uma vez que causa intoxicação. Muitos efeitos da intoxicação pelo chumbo já foram relatados na literatura, sendo responsável pela toxicidade nos sistemas cardiovascular, imunológico, ósseo, reprodutivo, hematopoiético, renal, gastrointestinal e, principalmente, no sistema nervoso. Embora haja evidências sobre como o chumbo afeta a homeostase em nível celular, a descrição das vias metabólicas afetadas na intoxicação por chumbo não está estabelecida. Para esclarecer os efeitos da intoxicação, o objetivo deste estudo é propor vias metabólicas das interações do chumbo com os componentes celulares, através da curadoria das informações presentes na literatura e em repositórios públicos. Após a busca na literatura, encontramos um total de 23 proteínas, incluindo o tripeptídeo glutationa, as quais são capazes de interagir com o chumbo e estão relacionadas com a base celular da intoxicação. Estas informações, em conjunto com outras provenientes de repositórios especializados, permitiram a integração do conhecimento em uma via metabólica da intoxicação por chumbo. Por meio dela, observou-se que o chumbo atua de maneira sistêmica no organismo, em especial, interferindo na função normal de proteínas as quais se ligam a metais essenciais, como zinco e cálcio.TCC Modelos lineares generalizados para análise de expressão gênica diferencial: biomarcadores sexo-específicos no Transtorno Depressivo Maior(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2023-12-01) Souza, Iara Dantas de; Araújo, Mariana Correia de; Dalmolin, Rodrigo Juliani Siqueira; http://lattes.cnpq.br/4065178015615979; http://lattes.cnpq.br/3928569895184069; 0000-0002-2550-6150; http://lattes.cnpq.br/8983310940285796; Silva Junior, Antônio Hermes Marques da; http://lattes.cnpq.br/9570950627171584; Costa, Eliardo Guimaraes da; http://lattes.cnpq.br/3160805152538713Os Modelos Lineares Generalizados (MLG) desempenham um papel crucial na análise estatística, uma vez que oferecem uma abordagem flexível para a modelagem de dados de diferentes origens. Uma importante aplicação dos MLG é a modelagem da expressão gênica, uma vez que estes modelos conseguem lidar com a diversidade de distribuições de dados associadas à expressão gênica, como as distribuições Poisson ou Binomial Negativa, frequentemente observadas em dados de sequenciamento de RNA. Os MLG acomodam a variabilidade biológica ao permitir a modelagem de variações não constantes em relação à média, proporcionando uma análise mais precisa e realista. A inclusão de replicatas é facilitada pelos MLG, permitindo distinguir variações biológicas de variações técnicas, contribuindo para a solidez das conclusões. Além disso, a capacidade de incorporar covariáveis nos MLG é fundamental para controlar fatores de confusão, permitindo uma análise refinada que considera múltiplos aspectos biológicos e experimentais simultaneamente. Aqui, mostramos uma aplicação dos MLG para análise de dados de expressão gênica, por meio da abordagem implementada no pacote edgeR do R/Bioconductor. Com esta abordagem, buscamos identificar as alterações de expressão gênica em amostras de indivíduos com Transtorno Depressivo Maior (TDM), quando comparadas com amostras de indivíduos saudáveis. Para isto, foram analisadas 263 amostras de sequenciamento de RNA de tecido cerebral \textit{post-mortem} de seis regiões cerebrais: córtex orbitofrontal (OFC), córtex pré-frontal dorsolateral (dlPFC), córtex pré-frontal ventromedial (Cg25), ínsula anterior (aINS), núcleo accumbens (Nac) e subículo ventral (Sub), em ambos os sexos. Esta análise resultou na identificação de 669 genes com alteração na expressão em amostras de indivíduos com TDM em relação às amostras de indivíduos saudáveis, chamados de genes diferencialmente expressos. O conjunto dos genes diferencialmente expressos constitui o perfil das alterações de expressão gênica observadas no TDM. Este perfil mostrou-se ser específico de cada sexo e de cada região cerebral considerada na análise. Sistemicamente, foi possível a identificação de grupos de genes que interagem fisica e/ou funcionalmente. É possível que um dos processos biológicos impactados no TDM seja a biossíntese de proteínas, um importante processo relacionado ao metabolismo neuronal.Dissertação Montagem e anotação de genomas mitocondriais amazônicos a partir de dados públicos disponíveis no NCBI(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2025-04-11) Silva, Larissa Martins Brito e; Souza, Jorge Estefano de Santana; Souza, Iara Dantas de; https://orcid.org/0000-0003-2347-042X; http://lattes.cnpq.br/8058577659019910; http://lattes.cnpq.br/1129701706757946; Faustino, André Luís Fonseca; Koroiva, RicardoOs avanços tecnológicos nos últimos anos permitiram o desenvolvimento de tecnologias que facilitaram o sequenciamento e armazenamento de dados genômicos em bancos de dados públicos, como o NCBI. Entretanto, espécies do Sul Global, especificamente espécies amazônicas, são pouco representadas nos bancos de dados públicos. Dessa forma, para reduzir essa lacuna, este estudo tem o objetivo de montar e anotar 100 genomas mitocondriais de peixes amazônicos utilizando dados públicos disponíveis no NCBI, contribuindo com dados de 22 novas espécies que não estavam presentes no GenBank. A precisão das montagens foram validadas por meio de comparações de identidade de sequência com mitogenomas de referência, alcançando até 100% de identidade para a espécie Pygocentrus nattereri (Kner, 1858). Além disso, também encontrou-se possíveis erros de rotulagem de espécies presentes nos bancos de dados públicos. Ao expandir os dados genômicos de peixes amazônicos, este estudo ajuda a preencher lacunas significativas nos bancos de dados genômicos, contribuindo com novos estudos de conservação, gestão sustentável da pesca e biodiversidade de peixes amazônicos. Além de disponibilizar os resultados em bancos de dados públicos, os dados também serão depositados em um site dedicado a reunir dados genômicos de espécies amazônicas com o objetivo de democratizar o acesso a dados genômicos.TCC Prevalência da infecção assintomática por Leishmania em doadores de sangue de área endêmica para Leishmaniose Visceral(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2023-07-19) Pedrosa, Iago Matheus Bezerra; Jeronimo, Selma Maria Bezerra; Teixeira, Diego Gomes; https://orcid.org/0000-0002-3290-9468; http://lattes.cnpq.br/8831844175717237; https://orcid.org/0000-0002-4784-9904; http://lattes.cnpq.br/7120263570947836; https://orcid.org/0000-0002-0299-2977; http://lattes.cnpq.br/5992345314828986; Martins, Daniella Regina Arantes; http://lattes.cnpq.br/3695151190501921; Souza, Iara Dantas de; https://orcid.org/0000-0002-2550-6150; http://lattes.cnpq.br/8983310940285796Introdução: A Leishmaniose Visceral (LV) foi tradicionalmente considerada uma doença rural no Nordeste do Brasil. No entanto, desde a década de 1990 houve um aumento de sua incidência em áreas urbanas, acompanhado de alterações clínicas como o aparecimento de infecções assintomáticas. A identificação dessas infecções assintomáticas representa um desafio para os programas de controle da LV. Os bancos de sangue podem refletir o contexto epidemiológico, bem como auxiliar na identificação e acompanhamento desses casos. Objetivo: Estimar a taxa de infecção por Leishmania em doadores de sangue de uma área endêmica para LV. Método: Este é um estudo transversal realizado no Hemocentro do Rio Grande do Norte Dalton Cunha. A investigação foi conduzida com doadores de sangue voluntários durante o processo de doação no período de 07 de maio de 2020 a 19 de novembro de 2021. Para os voluntários que consentiram fornecer os dados, foram coletadas informações sociodemográficas, ambientais e histórico de saúde. Concomitantemente, foram coletadas amostras de 10mL de sangue venoso de todos os participantes e submetidas ao teste sorológico ELISA para Antígeno Solúvel de Leishmania. As amostras positivas para o teste sorológico foram submetidas ao teste qPCR para detecção de DNA de Leishmania. A análise estatística dos dados se deu mediante o software R, no qual foi aplicado modelo de regressão logística bivariada para avaliar a associação entre a infecção por Leishmania e as variáveis estudadas. Resultados: Um total de 1.307 doadores de sangue foram incluídos no estudo e rastreados para anticorpo Anti-Leishmania. As características sociodemográficas dos participantes foram registradas durante a coleta da amostra. O sexo masculino constituiu 63% (n= 827) dos participantes. As idades dos doadores variam de 17 a 68 anos, com média de idade de 35.2 anos e desvio padrão de 17.01. Identificamos 115 (8,8%, IC 95:7,4%-10,5%) doadores de sangue positivos para infecção por Leishmania por ELISA SLA, enquanto 37 (32,2%, IC 95%: 24,3%-41,2%) dos doadores soropositivos foram positivos para infecção por Leishmania por PCR KDNA7. Diferenças estatísticas significativas foram observadas entre o perfil de infecção e viagens nos últimos 12 meses (p= 0,003) e categoria de não escolarizado (p = 0,01). Os doadores sororeativos residiam em 15 municípios do estado. O município de Natal, concentrou a maioria dos casos (n= 70) de sorologia positiva, demonstrando que a positividade nessa população é de 10,1% (n=70, IC 95%: 8,1-12,6). Conclusão: Doadores de sangue de área endêmica para LV podem estar infectados com Leishmania, e consequentemente fortalecem a hipótese que avaliação de doadores de sangue oriundos em áreas endêmicas podem ser sentinelas para estimar a magnitude da infecção assintomática. Esses dados mostram também um risco potencial de transmissão de Leishmania via doação de sangue, conforme já documentado para outras áreas endêmicas para Leishmaniose Visceral.