Navegando por Autor "Souza, Gustavo Antônio de"
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TCC Abordagem computacional para detecção de aneuploidias fetais(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2016-12-13) Mendonça, Amanda Kelly do Nascimento; Costa , César Rennó; Souza, Gustavo Antônio deA descoberta da presença do DNA fetal (cffDNA) no plasma e soro materno favoreceu novas abordagens ao diagnóstico não invasivo de desordens fetais (NIPT) promovendo uma melhor assistência ao pré-natal. A rápida detecção de cffDNA já é possível em torno da sétima semana gestacional com aumento de sua concentração ao longo do período. Assim, tais características possibilitam o reconhecimento antecipado de afecções fetais e a ação de medidas paliativas. No contexto de uso de Next-Generation Sequencing (NGS), diversos métodos têm sido descritos na literatura afirmando uma consistente sensibilidade para detecção de casos de aneuploidias como as síndromes de Down, Edward, Klinefelter, Patau e Turner. Nós propomos um método in sílico, CAADy (Abordagem Computacional para Detecção de Aneuploidias Fetais), uma estratégia para detecção de aneuploidias fetais. A metodologia é fundamentada na remoção de amostras outliers provenientes de diferentes tecnologias de sequenciamento e permitirá a identificação de enfermidades genéticas de origem cromossômica. Neste estudo foi usado o método de z-score com interferência interna (IR) calculado pelo desvio absoluto mediano (MAD) para identificar os casos de trissomia dos cromossomos 13, 18 e 21 (2, 12 e 16 casos, respectivamente) em 903 amostras de cffDNA disponíveis no portal SRA (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/SRA047257). Nós detectamos todos os casos de trissomias com 100% de sensibilidade e especificidade. A confirmação dos resultados foi baseada no cariótipo fetal. Assim, nossa metodologia apresentou grande potencial para detectar trissomias.Tese Análise das alterações transcricionais sexo-específicas do transtorno depressivo maior(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2022-07-08) Souza, Iara Dantas de; Dalmolin, Rodrigo Juliani Siqueira; https://orcid.org/0000-0002-1688-6155; http://lattes.cnpq.br/4065178015615979; https://orcid.org/0000-0002-2550-6150; http://lattes.cnpq.br/8983310940285796; Franco, Glória Regina; Souza, Gustavo Antônio de; http://lattes.cnpq.br/1012629455821774; Lima, João Paulo Matos Santos; https://orcid.org/0000-0002-6113-8834; http://lattes.cnpq.br/3289758851760692; Pasquali, Matheus Augusto de BittencourtO transtorno depressivo maior (TDM) é um importante distúrbio neuropsiquiátrico com grande prevalência no Brasil, sendo caracterizado por persistente humor deprimido e/ou perda de prazer por pelo menos duas semanas. O TDM é uma condição incapacitante e que predispõe a outras patologias complexas, como doenças cardiovasculares, podendo até resultar em suicídio. O TDM é mais prevalente em mulheres do que em homens e observa-se diferenças anatômicas, imunológicas, neuronais e hormonais, as quais refletem diferentes prognósticos e sintomatologias entre os sexos. No entanto, não há consenso quanto às alterações transcricionais do TDM em homens e mulheres, bem como as implicações funcionais destas alterações no metabolismo celular. A maior parte dos estudos transcricionais do TDM tenta explicar a fisiopatologia do TDM buscando por alterações da expressão global dos genes. Entretanto as alterações podem ocorrer também em nível de transcrito, de modo que o processamento alternativo de transcritos pode estar alterado. O presente trabalho busca investigar as alterações transcricionais do TDM em homens e mulheres por meio da análise de expressão diferencial de genes (DGE), a análise de expressão diferencial de transcritos (DTE) e a análise do uso diferencial de isoformas (DTU) em amostras post-mortem de seis regiões cerebrais. O conjunto dos genes identificados em pelo menos uma das três abordagens foi chamado de genes transcricionalmente alterados (TAGs), os quais representam o perfil de alteração transcricional ampla do TDM. Ao todo, 1075 TAGs foram identificados principalmente nas regiões de córtex pré-frontal. Ainda, aproximadamente metade das alterações transcricionais ocorreram apenas em nível de transcrito. Verificamos uma quase ausência de sobreposição entre os genes alterados identificados em homens e mulheres, indicando que o perfil das alterações transcricionais do TDM, em nível de expressão global de genes e de transcritos, é distinto entre os sexos. Verificamos alterações nas vias de processamento e exportação de RNA mensageiro no córtex orbitofrontal de mulheres, além da alteração da expressão do gene DDX39B, um constituinte da maquinaria de processamento de RNA, em diferentes regiões cerebrais de homens e mulheres, respectivamente. Além disso, mostramos que o gene ATAT1 encontra-se alterado em múltiplas regiões cerebrais de mulheres e o gene ABR encontra-se alterado em múltiplas regiões cerebrais de homens, constituindo potenciais marcadores moleculares sexo-específicos para o TDM. Assim, nosso trabalho mostra que a perturbação na expressão gênica observada no TDM ocorre em nível de expressão global de genes e de seus transcritos.Dissertação Comparação de redes de interação de resíduos (RINs) como uma forma de avaliar a variação conformacional de proteínas(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2020-06-30) Fonseca, Felipe Vieira da; Lima, João Paulo Matos Santos; ; http://lattes.cnpq.br/3289758851760692; ; http://lattes.cnpq.br/6673321910867647; Souza, Gustavo Antônio de; ; http://lattes.cnpq.br/1012629455821774; Cunha, Rodrigo Maranguape Silva da; ; http://lattes.cnpq.br/1918056067943429Alterações na sequência primária de aminoácidos podem resultar em alterações na estrutura tridimensional de proteínas e perda parcial ou total da sua função. Uma forma de representar as ligações e interações entre todos os aminoácidos de uma proteína é por meio das redes de interação de resíduos (RINs). Nas RINs a estrutura 3D de proteínas são apresentadas na forma de grafos, onde os nós representam os resíduos de aminoácidos e as arestas representam as interações físico-químicas entre os aminoácidos. Nossa hipótese é que a comparação entre RINs de uma mesma proteína em diferentes conformações pode ser utilizada para avaliação dos efeitos de mutações e polimorfismos, assim como para a análise e validação de modelos teóricos. Portanto, o estudo tem por objetivo construir uma ferramenta para comparação de diferentes RINs para uma proteína e utilizar tais dados para pontuar diferenças conformacionais entre proteínas e na validação de modelos gerados por homologia. As RINs foram criadas utilizando o RING 2.0 (Residue Interaction Network Generator). A ferramenta desenvolvida para isso, chamada de CoRINs (Comparator of Residue Interaction Networks), compara todos os nós de RINs geradas a partir de diferentes arquivos de estrutura (PDBs) de uma mesma proteína, levando em consideração a posição, a cadeia e o resíduo, bem como suas interações com os outros aminoácidos. A ferramenta apresenta um gráfico que estima a variação de interações formadas por cada resíduo, que pode ser utilizado com uma estimativa para a variação conformacional daquele sítio proteico, a partir do conjunto de PDBs comparados. Como aplicação para a ferramenta, utilizamos um conjunto de dados com oncogenes e genes supressores de tumor e suas respectivas mutações reportadas. Estas foram mapeadas de acordo com a variação da conectividade de cada resíduo. Os resultados demonstram que mutações associadas aos oncogenes apresentam uma maior tendência de ocorrer em sítios com maior variação na quantidade de interações em seus resíduos. Adicionalmente, a maioria das mutações anotadas como patogênicas e associadas ao câncer nestes genes ocorreu em sítios com maior quantidade de mudanças em interações químicas e físicas. Tais resultados demonstram que a ferramenta CoRINs pode ser útil na identificação das ligações químicas secundárias e interações não-covalentes essenciais à manutenção da estrutura proteica, podendo ser utilizada em estudos evolutivos, como na manutenção da função de proteínas homólogas com alta divergência de sequência primária e também na comparação e validação de modelos estruturais teóricos.Tese Desenvolvimento de abordagem computacional para análise e identificação de peptídeos polimórficos(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2022-11-29) Cunha, Lucas Marques da; Souza, Gustavo Antônio de; Medeiros, Silvia Regina Batistuzzo de; https://orcid.org/0000-0003-2431-0479; http://lattes.cnpq.br/5882662534904226; http://lattes.cnpq.br/1012629455821774; https://orcid.org/0000-0003-1555-2505; http://lattes.cnpq.br/6545545471833974; Passetti, Fábio; Uchoa, Adriana Ferreira; Lanza, Daniel Carlos Ferreira; Carvalho, Paulo CostaA abordagem proteômica permite estudos em larga escala da expressão proteica em diferentes tecidos e fluidos corporais, tendo como objetivo identificar e quantificar o conteúdo proteico total. No processo de análise proteômica, a identificação de proteínas ainda apresenta lacunas, apesar dos grandes avanços na área. Frequentemente, um espectrômetro de massa é utilizado para gerar valores de massa/carga das amostras. Após esse processo, geralmente utiliza-se um banco de dados de proteínas referência (por exemplo, UniProt) para identificação das proteínas. Porém, utilizar uma base de referência limita as análises de identificação das proteínas, uma vez que não contém as variações que ocorrem no DNA, que podem impactar na sequência de aminoácidos, ocasionando identificação incorreta ou impossibilitando o processo. Nesse contexto, existem diversas bases de dados personalizadas que incorporam tais variações genéticas. Embora apresentem bons resultados, também se limitam devido à ausência de algumas mutações, tornando-se outro problema no processo de identificação. Portanto, essa pesquisa tem como objetivo construir m banco de dados de proteogenômica (dbPepVar) combinando informações de variação genética do dbSNP com sequências de proteínas do RefSeq do NCBI. Conjuntos de dados públicos de espectrometria de massa foram usados para realizar uma análise pan-câncer (Ovário, Colorretal, Mama e Próstata), permitindo a identificação de variações genéticas únicas. No total, 3.726 peptídeos variantes foram identificados em amostras de câncer de ovário, 2.543 em próstata, 2.661 em mama e 2.411 em câncer de cólon-retal. Uma análise de frequência mutacional mostrou genes envolvidos nos processos de progressão tumoral, sensibilidade à quimioterapia e risco de suscetibilidade ao câncer. Curiosamente, em muitas amostras, foram identificados peptídeos C-terminais de proteínas encurtadas originárias de eventos de códon de terminação prematura (PTC). Isso indica que tais proteínas escaparam do decaimento mediado por mutações Nonsense (NMD) e, não surpreendentemente, os genes da maquinaria NMD também estão mutados nas mesmas amostras. Isso sugere que o vestígio do transcrito truncado pode estar associado à ineficiência da maquinaria NMD causada por mutações genéticas. Em perspectiva, o portal web desenvolvido bem como as análises realizadas podem direcionar estudos para identificar novos alvos terapêuticos para diferentes tipos de câncer, podendo-se também utilizar nosso banco de dados para caracterização de variantes em amostras de antecedentes genéticos desconhecidos, como amostras arquivadas. O portal está disponível em: https://bioinfo.imd.ufrn.br/dbPepVar/.Dissertação Estrutura e diversidade do locus rfb em bactérias do gênero Leptospira e sua associação com a classificação sorológica(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2023-03-24) Ferreira, Leonardo Cabral Afonso; Sakamoto, Tetsu; https://orcid.org/0000-0003-3023-0117; http://lattes.cnpq.br/1342530085695810; http://lattes.cnpq.br/6252204812727213; Souza, Gustavo Antônio de; http://lattes.cnpq.br/1012629455821774; Cosate, Maria Raquel VenturimA Leptospirose é considerada uma zoonose de importância mundial devido à sua vasta distribuição e virulência, afetando tanto humanos quanto animais de interesse comercial. Causada por bactérias patogênicas do gênero Leptospira e filo Spirochaetes, a contaminação por ela se dá através do contato direto ou indireto com o agente contaminante presente no ambiente, como urina de animais infectados ou água e solos contaminados. O gênero possui 68 espécies que podem ser agrupadas em dois grandes grupos segundo o seu estilo de vida em patogênicas e saprófitas. Além da classificação taxonômica, amostras destes gêneros podem ser classificadas com base nas suas características antigênicas em sorogrupos e sorovares. A classificação sorológica possui uma grande relevância na área de epidemiologia e análises clínicas, porém, os métodos utilizados para realizar esta classificação são laboriosos, necessitam de infraestrutura e mão de obra especializada, e requerem dias para a obtenção de resultados. Neste estudo visamos encontrar padrões genéticos associados à classificação sorológica de bactérias do gênero Leptospira analisando a composição genética do locus rfb e propor métodos que permitam a classificação das amostras de Leptospira ao nível de sorogrupo. Para isso utilizamos dados genômicos de 67 espécies classificadas em 27 sorogrupos que estão distribuídas em 722 amostras disponíveis no banco de dados públicos. Identificamos os genes que fazem parte do locus rfb através dos grupos de ortólogos nas amostras que continham o locus rfb íntegro em um único contig. Utilizamos um método de agrupamento hierárquico para agrupar amostras que possuíssem perfis semelhantes na composição gênica do locus rfb. Nesta análise foi possível contemplar o panorama da diversidade do perfil da composição genética do locus rfb no gênero Leptospira e observar correspondência entre a classificação em sorogrupos e os grupos formados pelo agrupamento hierárquico. O agrupamento gerado sugere a classificação das amostras em seis grandes classes que, além de apresentarem afinidade sorológica, compartilham semelhanças quanto a composição gênica do locus rfb. Foi observado que amostras de mesmo sorogrupo compartilham semelhanças na composição gênica do locus rfb. Além disso, foi possível verificar a existência de diferentes blocos de genes que podem estar conservados em amostras pertencentes a diferentes espécies e sorogrupos. Presume-se que as diferentes combinações desses blocos gênicos resultem na síntese de diferentes estruturas do antígeno-O do lipopolissacarídeo e consequentemente em diferentes sorogrupos. O presente trabalho permite sugerir marcadores moleculares que permitam o uso de estratégias moleculares para a identificação sorológica de Leptospira.Artigo Genome-wide identification of cancer/testis genes and their association with prognosis in a pan-cancer analysis(Impact Journals, 2017-10-10) Silva, Vandeclécio Lira da; Fonseca, André Faustino; Fonseca, Marbella M.; Silva, Thayna Emília da; Coelho, Ana Carolina; Kroll, José Eduardo; Souza, Jorge Estefano Santana de; Ferreira, Beatriz Stransky; Souza, Gustavo Antônio de; Souza, Sandro José deCancer/testis (CT) genes are excellent candidates for cancer immunotherapies because of their restrict expression in normal tissues and the capacity to elicit an immune response when expressed in tumor cells. In this study, we provide a genomewide screen for CT genes with the identification of 745 putative CT genes. Comparison with a set of known CT genes shows that 201 new CT genes were identified. Integration of gene expression and clinical data led us to identify dozens of CT genes associated with either good or poor prognosis. For the CT genes related to good prognosis, we show that there is a direct relationship between CT gene expression and a signal for CD8+ cells infiltration for some tumor types, especially melanomaTCC Metanálise de dados proteicos para determinar proteínas comumente presentes em diferentes modelos experimentais relacionados ao transtorno de espectro autista(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2022-07-21) Lemos, Juliana de Oliveira; Souza, Gustavo Antônio de; http://lattes.cnpq.br/1012629455821774; Lima, João Paulo Matos Santos; https://orcid.org/0000-0002-6113-8834; http://lattes.cnpq.br/3289758851760692; Sakamoto, Tetsu; https://orcid.org/0000-0003-3023-0117; http://lattes.cnpq.br/1342530085695810O Transtorno de Espectro Autista (TEA) engloba um grupo de condições: autismo infantil, a Síndrome de Rett, a Síndrome de Asperger, o transtorno desintegrativo da infância, o transtorno com hipercinesia, entre outros, caracterizado por, déficits na reciprocidade sócio-emocional, comportamentos comunicativos não verbais, déficits para desenvolver, manter e compreender relacionamentos e possuem padrões restritivos de comportamento, interesses ou atividades. Ao longo dos anos, houve um aumento no número de indivíduos diagnosticados com TEA, entretanto em muitos casos, de maneira tardia, já que o diagnóstico ainda é apenas baseado na apresentação de sintomas clínicos do paciente e requer profissionais especializados para tal. Diversos estudos vêm tentado esclarecer as bases fisiopatológicas do autismo, procurando possíveis biomarcadores que possam ajudar tanto no diagnóstico quanto no tratamento dessa condição. O objetivo deste trabalho foi buscar perfis proteicos que possam estar envolvidos em processos biológicos participantes das vias neurais relacionadas ao transtorno, por meio da metanálise de dados de modelos experimentais do transtorno autista, utilizando abordagens de bioinformática para a obtenção e análise dos dados. Os resultados mostraram que, algumas das moléculas, como: Psd-95, Gria, Shank3, Sinapsina, Calmodulina, Quinases, Snap25, entre outras descritas, que são responsáveis por uma variedade de processos associados à transmissão sináptica (montagem, ativação, de receptores de glutamato, transporte através do citoesqueleto de microtúbulos, na regulação e liberação de neurotransmissores, assim como de toda a estrutura de sinalização, fosforilação e da densidade pós-sináptica) apresentaram um enriquecimento funcional das suas vias. Todos esses processos compõem as bases da formação da plasticidade sináptica, relacionada a aprendizagem, memória, comportamento e percepções sensoriais que podem estar envolvidos na fisiopatologia do transtorno, já que a sintomatologia apresentada pelos pacientes estão diretamente ligadas aos processos citados. No entanto, ainda é necessário a continuação da análise para validação e verificação dos resultados obtidos, além de novas análises para averiguar outros possíveis proteomas e processos biológicos relacionados ao Transtorno de Espectro Autista.