Navegando por Autor "Sousa, Bruno Gomes de"
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Dissertação Biodegradação de hidrocarbonetos aromáticos policíclicos: prospecção metagenômica e modelagem computacional 3-D de proteínas(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2011-05-23) Sousa, Bruno Gomes de; Fulco, Umberto Laino; Blaha, Carlos Alfredo Galindo; ; http://lattes.cnpq.br/2307806644081146; ; http://lattes.cnpq.br/9579151361576173; ; http://lattes.cnpq.br/8255679020994527; Albuquerque, Eudenilson Lins de; ; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4783172H5; Almeida, Paulo Fernando de; ; http://lattes.cnpq.br/8972128111026703O conhecimento sobre os procariotos nativos em locais de risco favorece a aplicação de biotecnologias para biorremediação. Estratégias independentes de cultivo, como metagenômica, contribuem para aprofundar o conhecimento microbiológico, possibilitando estudos com organismos não cultiváveis acerca do status microbiológico nativo e seu potencial papel na biodegradação de, por exemplo, Hidrocarbonetos Aromáticos Policíclicos (HAP s). Considerando o bioma de mangue uma interface frágil e crítica de fronteira com o oceano, este trabalho caracteriza a microbiota nativa de mangue com potencial biodegradador de HAP s utilizando um biomarcador molecular para detecção e avaliação da diversidade bacteriana em áreas sob influência de indústrias petrolíferas através da PCR-DGGE na Bacia Petrolífera Potiguar (BPP). Foi escolhido um biomarcador molecular metabólico, enzima PcaF, para detecção de procariotos degradadores de HAP s. Com o biomarcador, fingerprints foram obtidos de amostras de Paracuru-CE, Fortim-CE e Areia Branca-RN, revelando a ocorrência de flutuações das comunidades microbianas de acordo com os períodos de amostragem e em resposta ao impacto por petróleo. Através da análise das comunidades microbianas frente à interferência da indústria do petróleo, em Areia Branca-RN e Paracuru-CE foi observado que o petróleo é determinante para a diversidade microbiana. Fortim-CE provavelmente não tem influência direta da atividade petrolífera. No intuito de obter dados para o melhor entendimento do transporte e biodegradação de HAP s, foram desenvolvidos estudos in silico de modelagem e simulação computacional a partir da obtenção de modelos 3-D de proteínas envolvidas na degradação do fenantreno, no transporte de HAP s e também a obtenção do modelo 3-D da enzima PcaF. Estudos de dockings com substratos e produtos forneceram dados para o melhor entendimento sobre o mecanismo de transporte e catálise de HAP sArtigo Molecular modelling and quantum biochemistry computations of a naturally occurring bioremediation enzyme: Alkane hydroxylase from Pseudomonas putida P1(Elsevier, 2017-10) Sousa, Bruno Gomes de; Oliveira, Jonas Ivan Nobre; Albuquerque, Eudenilson Lins de; Fulco, Umberto Laico; Amaro, Venerando Eustáquio; Blaha, Carlos Alfredo GalindoMany species of bacteria involved in degradation of n-alkanes have an important constitutional metabolic enzyme, the alkane hydroxylase called AlkB, specialized in the conversion of hydrocarbons molecules that can be used as carbon and/or energy source. This enzyme plays an important role in the microbial degradation of oil, chlorinated hydrocarbons, fuel additives, and many other compounds. A number of these enzymes has been biochemically characterized in detail because the potential of alkane hydroxylases to catalyse high added-value reactions is widely recognized. Nevertheless, the industrial and process bioremediation application of them is restricted, owing to their complex biochemistry, challenging process requirements, and the limited number of their three-dimensional structures. Furthermore, AlkB has great potential as biocatalysts for selective transformation of a wide range of chemically inert unreactive alkanes into reactive chemical precursors that can be used as tools for bioremediation and bioprocesses. Aiming to understand the possible ways the AlkB enzyme Pseudomonas putida P1 interacts with octane, octanol and 1-octyne, we consider its suitable biochemical structure taking into account a 3-D homology modelling. Besides, by using a quantum chemistry computational model based on the density functional theory (DFT), we determine possible protein-substrate interaction regions measured by means of its binding energy simulated throughout the Molecular Fractionation with Conjugated Caps (MFCC) approach