Navegando por Autor "Silva, Giovanna Melo Martins"
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TCC Caracterização dos mecanismos subjacentes da ação neuroprotetora do extrato de guaraná (Paullinia cupana) no organismo modelo Caenorhabditis elegans(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2018-11-26) Silva, Giovanna Melo Martins; Oliveira, Riva de Paula; Uchoa, Adriana Ferreira; Medeiros, Silvia Regina Batistuzzo dePesquisas envolvendo o extrato das sementes de guaraná (Paullinia cupana) evidenciaram diversas propriedades biológicas benéficas, desde antioxidantes e antimutagênicas, até protetoras e estimulantes sobre o Sistema Nervoso Central (SNC). Resultados preliminares mostraram que o extrato de guaraná melhora o perfil de paralisia induzido pela super expressão do peptídeo β-amiloide no Caenorhabditis elegans, além de ser capaz de reduzir a neurotoxicidade da proteína Huntingtina (Q150), ter efeito antioxidante através da redução de EROs em animais expressando o peptídeo βA e até aumentar a atividade do proteassoma. No presente estudo, o nematódeo C. elegans foi utilizado como organismo modelo para aprofundar melhor os mecanismos envolvidos na ação neuroprotetora do extrato hidroalcoólico de guaraná (EHG). O tratamento com EHG não aumentou a taxa de sobrevivência dos animais tratados em condições de estresse oxidativo induzido por terc-butil hidroperóxido (t-BOOH), entretanto, foi capaz de aumentar o tempo de vida médio e máximo, o número de batimentos faríngeos e a motilidade em condições normais, sem alterar a taxa de reprodução. Através da contagem de pontos focais de fluorescência na linhagem transgênica LGG-1::GFP, o tratamento com EHG demonstrou capacidade de aumentar a atividade lisossômica. A dependência do mecanismo de ação do EHG quanto aos fatores de transcrição SKN-1, DAF-16 e HSF-1 foi analisada através da linhagem transgênica CL2006 unc-54/peptídeo βA1-42 humano (modelo para a doença de Alzheimer) e a tecnologia do RNA de interferência (RNAi) veiculado pela bactéria E. coli transgênica HT115 (PL440). O efeito protetor do guaraná se mostrou parcialmente dependente dos fatores de transcrição SKN-1 e DAF-16, mas não do fator HSF-1. Em conclusão, o guaraná tem o potencial de ativar vias de resposta ao estresse e processos envolvidos na homeostase proteica, apresentando-se como opção de tratamento e prevenção para doenças neurodegenerativas.Tese Identificação de sequências da subfamília Orthocoronavirinae em metagenomas e metatranscriptomas e análise da diversidade genômica do coronavírus humano NL63(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2023-09-29) Silva, Giovanna Melo Martins; Oliveira, Riva de Paula; Rodrigues, Thiago Bruce; https://orcid.org/0000-0002-6092-6142; http://lattes.cnpq.br/6790385939188325; https://orcid.org/0000-0002-4584-6961; http://lattes.cnpq.br/1182271734264345; Lanza, Daniel Carlos Ferreira; https://orcid.org/0000-0002-1341-4814; http://lattes.cnpq.br/6851351991421755; Araújo, Josélio Maria Galvão de; Franco, Gloria Regina; Acácio, Stela Mirla da Silva FelipeO desenvolvimento de tecnologias de sequenciamento de alto rendimento na última década resultou em grandes repositórios de dados brutos de sequenciamento e projetos metagenômicos. Paralelamente, a biologia computacional e a bioinformática se tornaram aliadas importantes, resultando na criação de diversas ferramentas de classificação taxonômica. A pandemia da COVID-19 (Coronavirus Disease 2019) demonstrou a importância de investigar melhor os coronavírus, especialmente os coronavírus humanos que impactam a saúde e os serviços públicos. Entre eles, o HCoV-NL63 é um coronavírus sazonal que afeta os seres humanos, está distribuído globalmente, causa doenças respiratórias leves a moderadas e compartilha o mesmo receptor para entrada no hospedeiro que o SARS-CoV e o SARS-CoV-2. Este trabalho utiliza bancos de dados públicos de sequências para 1) comparar duas ferramentas de bioinformática, Kaiju e Burrows-Wheeler Aligner (BWA), na identificação de sequências virais da subfamília Orthocoronavirinae em metagenomas humanos e 2) realizar uma análise filogenética abrangente do HCoV-NL63. Foram selecionadas aleatoriamente 1169 amostras humanas (de um total de 3670) e a classificação taxonômica foi realizada com o uso do Kaiju (análise de dois passos com diferentes bancos de dados de referência). Usando o Kaiju, foram encontradas 150 amostras positivas para CoVs, no entanto, não foi possível montar nenhum genoma. Além disso, todas as 3670 amostras foram analisadas usando o BWA, com resultados negativos para CoVs, exceto uma amostra que continha sequências do HCoV NL63. Nossos resultados sugerem que as amostras investigadas não continham coronavírus, apenas sequências conservadas e similares entre organismos, o que foi superestimado pela ferramenta Kaiju. Por outro lado, o BWA pode ser utilizado para identificar viromas em diversos produtos de sequenciamento. Neste estudo, também utilizamos 173 sequências de genes de espícula disponíveis publicamente do HCoV-NL63 para realizar a análise filogenética. A análise de máxima verossimilhança resultou em oito subgenótipos (A1, A2, A3, B1, B2, C1, C2 e C3), consolidando a divisão da linhagem B em B1 e B2. Os subgenótipos B2 (20,1%), B1 (19,5%) e C3 (16,1%) foram os mais prevalentes. Foi encontrada seleção positiva nas posições S1 (V57, G96, N431) e S2 (V1177, E1206). Foram detectadas sete substituições não sinônimas na região BLR. Em comparação com outros genótipos, o genótipo B apresenta um número significativo de substituições de aminoácidos na região S1. Nossa análise também identificou uma alta prevalência de eventos de recombinação dentro da região S1 (12-307 aminoácidos). O genótipo A, que apresenta o maior número de eventos de recombinação, mostra um período restrito de surgimento tanto em termos de tempo quanto de local, exibindo um padrão de seleção purificadora. Nossos resultados destacam a importância da vigilância epidemiológica e filogenética contínua, sendo fortemente recomendada para prever a evolução de futuras variantes.