Navegando por Autor "Oliveira, Cláudio Bruno Silva de"
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Dissertação Análise energética das interações intermoleculares dos inibidores dipeptídicos CN-716 E ACIL-KR-ALDEÍDO com a protease de replicação viral NS2B-NS3 do zika vírus(2020-03-17) Campos, Daniel Melo de Oliveira; Oliveira, Jonas Ivan Nobre; ; ; Oliveira, Cláudio Bruno Silva de; ; Araújo, Joselio Maria Galvão de;A infecção emergente pelo zika vírus (ZIKV) se tornou uma ameaça à saúde global devido à associação com anormalidades neurológicas graves, como a síndrome de Guillain-Barré (SGB) em adultos e a síndrome congênita do zika vírus (SCZ) em neonatos. Muitas pesquisas de desenvolvimento e inovação objetivam um composto antiviral eficaz contra o ZIKV. A protease NS2B-NS3 é um alvo atraente para a elaboração de fármacos devido à sua função essencial na replicação viral, mas até o momento, não há nenhum composto comercialmente disponível. Nesse contexto, para contribuir com o design racional de fármacos para o desenvolvimento de um anti-ZIKV eficiente, realizou-se um estudo qualitativo (natureza dos contatos intermoleculares) e quantitativo (energia de ligação) comparativo das interações intermoleculares existentes nas estruturas cristalográficas da serino-protease NS2B-NS3 acopladas aos inibidores peptidomiméticos ácido borônico (cn-716 – PDB ID: 5LC0) e aldeído (Acil-KR-Aldeído – PDB ID: 5H6V). Para a descrição das energias de ligação individuais aminoácido-ligante existentes nesses biocomplexos, utilizou-se o esquema de fracionamento molecular com caps conjugados (MFCC) dentro do formalismo da teoria funcional da densidade (DFT). Os resultados revelaram que o inibidor de aldeído mostrou ter mais afinidade do que o inibidor de ácido borônico. Em geral, a porção P2 do inibidor de aldeído apresenta mais afinidade com o sítio ativo da protease do que o inibidor de ácido borônico devido à presença de dois anéis fenólicos que aumentam a distância e diminuem a interação com a protease. Justamente nessa porção, o resíduo Asp83 é aquele que mais fortemente interagiu com os ligantes. Além deste, destacam-se os aminoácidos Asp83*, His51, Asp129, Ser81*, Gly133, Ala132, Tyr161, Asn152 e Asp75 (Asp83*, Asp129 His51, Asn152, Tyr161, Tyr130, Gly153, Gly151, Asp75, Pro131 e Gly82) em cn-716/NS2B-NS3 (Acil-KR-Aldeído/NS2B-NS3). O aminoácido Asn152 mostrou ser um resíduo chave, influenciando outros aminoácidos vizinhos do bolso de ligação a interagirem com maior afinidade com o inibidor. Por fim, a avaliação do efeito de mutações missense na desestabilização e flexibilização da protease demonstrou que as alterações Tyr161Gly e Tyr130Gly promovem maiores danos à protease. Os resultados apresentados servirão de base para o processo de descoberta e desenvolvimento de fármacos anti-zika mais específicos e potentes.Dissertação Avaliação de métodos de diagnóstico de vulvovaginites infecciosas em amostras cérvicos-vaginais coletadas no município de São Pedro/RN(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2020-08-13) Araújo, Valdiery Silva de; Oliveira, Jonas Ivan Nobre; ; http://lattes.cnpq.br/2461374517882321; ; http://lattes.cnpq.br/1147505802785232; Silva Júnior, Edilson Dantas da; ; http://lattes.cnpq.br/5459705151588106; Oliveira, Cláudio Bruno Silva de; ; http://lattes.cnpq.br/9938199441264328A microbiota vaginal, diferentemente da microbiota da maioria dos outros locais do corpo, é muito dinâmica e se caracteriza por sofrer perturbações ocasionais que podem ser influenciadas pela idade, relações sexuais, higiene pessoal, menstruação e níveis hormonais. Estima-se que as infecções vaginais, isoladamente, representam acima de 10% das visitas de pacientes ao provedor de cuidados de saúde das mulheres. Com destaque para as causas mais comuns de vulvovaginite infecciosa são candidíase vulvovaginal, vaginose bacteriana (VB) e tricomoníase. O diagnóstico presuntivo de infecções do trato genital inferior leva invariavelmente a um número significativo de mulheres sendo diagnosticadas erroneamente ou que terminam sem diagnóstico adequado. Esta imprecisão é também causa de um número significativo de mulheres que são tratadas e rotuladas com infecção presumida que, de fato, não estão infectadas com os patógenos suspeitos. Nessa perspectiva, o objetivo principal deste trabalho é identificar o método mais adequado para o diagnóstico das principais vulvovaginites infeciosas dentre três técnicas distintas: coloração de GRAM, método a fresco e o teste de Papanicolaou. Para isso, foi realizado um estudo transversal descritivo com as amostras cervico-vaginais de 215 mulheres adultas do município de São Pedro/RN. Os resultados obtidos a partir do exame do fluxo vaginal pelos métodos de microscopia direta (método a fresco e coloração de GRAM) evidenciaram prevalência de Candida spp. em 24,7% das pacientes, 20% para VB e 1,9% para T. vaginalis. Entre essas mulheres, 32,1% não apresentavam qualquer queixa clínica enquanto 5,1%, todas elas. O ardor (27,4%), prurido (37,2%) e corrimento (32,6%) possuem maior prevalência quando avaliadas isoladamente, do que em associação entre elas. Comparando o exame Papanicolaou com o padrão ouro (microscopia direta), os valores de sensibilidades/especificidade de 58,5%/95,1%, 69,8%/97,7% e 75%/99,1% foram obtidos para Candida spp., vaginose bacteriana e T. vaginalis respectivamente. Evidencia-se, pois, o GRAM como método elegível no diagnóstico de vulvovaginites. No entanto, o exame de Papanicolaou não deve ser descartado devido a elevada especificidade; consequentemente, o resultado quando positivo é útil. Os achados desse trabalho poderão embasar políticas públicas estratégicas no âmbito da saúde da mulher, especificamente diagnóstico precoce eficaz das vulvovaginites.Dissertação Caracterização do gene 18S rRNA em parasitos do grupo Apicomplexa: uma abordagem aplicada à seleção de marcadores moleculares(2018-09-26) Pinheiro, Sthephanie Nassif; Lanza, Daniel Carlos Ferreira; ; ; Scortecci, Katia Castanho; ; Oliveira, Cláudio Bruno Silva de;O grupo Apicomplexa compreende protozoários causadores de deonças mundialmente distribuídas como malária, toxoplasmose ou distúrbios intestinais oportunistas. Ainda nos dias de hoje, os principais protozoários de importância médica geralmente são identificados por microscopia óptica, o que dificulta a classificação precisa e o diagnóstico dos pacientes principalmente nos casos em que a parasitemia é baixa. Nesse contexto, o presente trabalho teve como objetivo desenvolver um método molecular alternativo que possibilite a identificação de ampla variedade de protozoários do grupo Apicomplexa. Foi desenvolvido um sistema de primers para utilização em uma reação de PCR (Polymerase Chain Reaction) em duas etapas (semi-nested PCR). O alvo investigado para o desenho de primers foi o gene 18S rRNA, por ser um alvo amplamente utilizado para screening e identificação de espécies em estudos de biodiversidade. A partir da análise da sequência e caracterização de potencial formação de estruturas secundárias, foram desenhados conjuntos de primers que se anelam em regiões conservadas e flanqueiam regiões variáveis no gene. A eficiência de cada conjunto de primers foi avaliada por PCR in silico. Foi selecionado um conjunto de primers que, quando usado de forma aninhada, pode gerar ~166 amplicons com sequências distintas, que podem ser usados para discriminar gêneros e espécies de Apicomplexa por diferença no tamanho em gel de agarose e por sequenciamento. O método proposto foi validado in vitro e sua eficiência na identificação de algumas espécies de protozoários de interesse médico foi confirmada. Após etapas adicionais de validação, esse método poderá ser utilizado para triagem inicial em casos de suspeita de es e também para determinação de diferentes espécies de parasitos.Dissertação Desenvolvimento de uma vacina de subunidade multi-epítopo contra um arbovírus negligenciado das Américas: uma abordagem por imunoinformática e modelagem molecular(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2023-03-30) Silva, Maria Karolaynne da; Oliveira, Jonas Ivan Nobre; Fulco, Umberto Laino; https://orcid.org/0000-0002-4528-9878; http://lattes.cnpq.br/9579151361576173; https://orcid.org/0000-0003-1646-921X; http://lattes.cnpq.br/2461374517882321; http://lattes.cnpq.br/5060630863785164; Rodrigues Neto, João Firmino; Oliveira, Cláudio Bruno Silva deO vírus Mayaro (MAYV) é um arbovírus emergente nas Américas que pode causar doenças artritogênicas debilitantes. Embora a biologia do MAYV não seja totalmente compreendida, sabe-se que é derivado de alfavírus artritogênicos relacionados, como os vírus chikungunya, Ross River e O’nyong nyong. O controle efetivo da disseminação dessas doenças requer a identificação dos indivíduos infectados e o desenvolvimento de terapias preventivas e profiláticas. No entanto, atualmente, a única abordagem disponível para o controle do MAYV é o controle do vetor, já que não existem vacinas licenciadas para prevenir a infecção por MAYV nem terapêutica para tratá-la. Neste estudo, utilizamos abordagens imunoinformáticas e de modelagem molecular para identificar potenciais epítopos de células T para o desenvolvimento de uma vacina contra o vírus Mayaro. Para isso, analisamos 127 genomas de MAYV sequenciados nas Américas (08 Bolívia, 72 Brasil, 04 Guiana Francesa, 05 Haiti, 20 Peru, 04 Trinidad e Tobago e 14 Venezuela) e identificamos sequências de peptídeos que podem se ligar aos alelos do MHC classe I e classe II. Esses epítopos promíscuos foram selecionados com base na conservação da sequência de aminoácidos e na imunogenicidade. Através de análises de imunoinformática e modelagem molecular, identificamos 56 potenciais epítopos para MHC-I/TCD8+ e 29 para MHCII/TCD4+, sendo que apenas algumas sequências específicas de proteínas (nsP1191-199,nsP1501-509, nsP1498-506, nsP3348-356, nsP4305-314 e nsP4212-221 para TCD8+ e nsP157-71,nsP116-30, nsP1182-196, nsP1180-194, nsP115-29, nsP2640-654, nsP2639-653, nsP2679-693, nsP2677-691,nsP2680-694, nsP3127-141, nsP362-76, nsP4414-428, nsP4413-427, nsP4412- 426 e nsP4372-386 para TCD4+), exibiram alta antigenicidade, conservação, não-alergenicidade, não-toxicidade e excelente cobertura populacional. Com base nesses resultados, desenvolvemos uma vacina multiepítopo acoplada ao receptor Toll-Like 3 (TLR3) e aprimoramos sua qualidade por meio de cálculos de mecânica quântica. Com base nos resultados obtidos, a identificação de potenciais epítopos de células T pode ser importante para a compreensão da patogênese e da resposta imune a essa infecção. Além disso, o desenvolvimento de vacinas e intervenções imunoterapêuticas contra o vírus Mayaro pode ter implicações significativas para futuras pesquisas nessa área, bem como para o controle efetivo da disseminação de doenças arbovirais emergentes. Isso pode ajudar a prevenir surtos e epidemias, reduzindo o impacto dessas doenças na população e contribuindo para o avanço da saúde pública.Tese Determinação de patogenicidade e resistência à sulfadiazina de três isolados de Toxoplasma gondii do Estado do Rio Grande do Norte e atividade anti-toxoplasma do timol e estragol(2016-02-25) Oliveira, Cláudio Bruno Silva de; ; ; Câmara, Antonia Cláudia Jácome da; ; Cavalcanti, Marília Gabriela dos Santos; ; Andrade, Milena de Medeiros Clementino; ; Guedes, Paulo Marcos da Matta;Toxoplasma gondii é um protozoário intracelular obrigatório amplamente distribuído, ele é o etiológico da toxoplasmose, doença de curso normalmente benigno que pode ter sérias repercursões em imunossuprimidos e fetos congenitamente infectados. Esta doença é uma das principais responsáveis por hospitalização relacionada à alimentos e, considerando o padrão atípico pelo qual esta se observa no Brasil, os efeitos adversos no tratamento-padrão e os fenótipos emergentes de resistência o presente estudo teve como objetivo padronizar a manutenção e determinar o perfil de patogenicidade e resistência à sulfadiazina de isolados locais do T. gondii; verificar o potencial imunogênico e alterações comportamentais; além de avaliar o potencial antiparasitário do timol e estragol versus cepa clonal e isolados locais do parasito. O efeito citopático induzido pelo parasito foi avaliado em cultura de células RAW 264.7 e a patogenicidade foi determinada em modelo murino após infecção com monitoramento por 30 dias e confirmada por PCR-RFLP, usando o marcador CS3. A resistência fenotípica à sulfadiazina foi medida utilizando de uma curva de doses em animais infectados (100, 200 ou 300 mg/kg) e a atividade anti-Toxoplasma do timol e estragol contra isolados locais e cepa padrão foram determinadas em camundongos Suiços infectados e tratados durante 6 dias. As alterações na memória/aprendizado e impulsividade foram avaliados em labirinto em cruz elevado. Polimorfismos foram determinados por sequenciamento do gene DHPS. Amostras de sangue foram coletadas de camundongos C57BL/6 para o ELISA e dosagem de citocinas em camundongos C57BL/6. O efeito citopático e a PCR-RFLP mostraram que os isolados de galinhas representam diferentes populações do parasito. O isolado Ck3 foi o mais patogênico in vivo, o isolado moderadamente patogênico Ck2 induziu uma resposta humoral e alterações comportamentais diferentes da cepa ME49. Falhas terapêuticas foram observadas nos animais infectados com Ck3 e Pg1 e tratados com sulfadiazina, porém não foram observados polimorfismos no gene DHPS. Foi possível estabelecer um modelo para determinação da atividade anti-Toxoplasma de novos compostos e, através deste, foi obervado que timol e estragol apresentaram efetividade contra a cepa ME49, mas apenas o estragol apresentou ação contra o isolado Ck2, com forte resposta Th1. Timol, estragol e sulfadiazina não tiveram ação contra Ck3 e Pg1. Estes perfis atípicos de patogenicidade e resistência dos parasitos locais foram observados de forma inédita e podem explicar os perfis diferenciados da toxoplasmose observados nessa região.Dissertação Frequência de Cryptosporidium spp. e Cystoisospora spp. em pacientes HIV/AIDS internados no Hospital Giselda Trigueiro, Natal/RN(2017-08-05) Moura, Tenille Karinanna de Morais Paiva; Andrade Neto, Valter Ferreira de; http://lattes.cnpq.br/4863082845974813; http://lattes.cnpq.br/5498971497124431; Oliveira, Carlos Capistrano Gonçalves de; http://lattes.cnpq.br/2691069271931840; Oliveira, Cláudio Bruno Silva de; https://orcid.org/0000-0003-3957-7678; http://lattes.cnpq.br/9938199441264328; Souza, Maria de Fátima de; https://orcid.org/0000-0002-2983-6165; http://lattes.cnpq.br/7011426083461968As infecções oportunistas são reconhecidas como uma das complicações mais comuns em pacientes imunocomprometidos, incluindo aqueles que são infectados pelo HIV, os quais estão em maior risco de doença crônica e debilitante. Nesse contexto, dois coccídeos intestinais, Cryptosporidium spp. e Cystoisospora spp., acometem pacientes HIV/AIDS e induzem quadros graves de diarreia e/ou um histórico de diarreia alternadamente com um intervalo assintomático. Portanto, o objetivo deste estudo foi avaliar a frequência de Cryptosporidium spp. e Cystoisospora spp. em pacientes internados com HIV/AIDS no Hospital Giselda Trigueiro, no período de novembro de 2015 a março de 2017. Neste estudo foi aplicado questionário sócio-econômico, feita consulta dos prontuários, e também foram colhidas 72 amostras fecais para investigação parasitológica pelos métodos de concentração de Seather, Ritchie e Coloração Ziehl-Neelsen modificado; bem como, detecção de coproantígeno de Cryptosporidium spp. utilizando o ensaio imunoenzimático (ELISA). A amostra foi composta de 75% de homens e 25% de mulheres com idade variando entre 20 e 80 anos. A frequência de Cryptosporidium spp foi de 2,2%, através do ensaio imunoenzimático, e de Cystoisospora spp. foi de 6,9%, através dos métodos de Ritchie e coloração Zeehl-Neelsen modificado. Todos os pacientes faziam uso de Sulfametaxol e Trimetoprim e apresentavam no momento da coleta um quadro clínico de diarréia. Entre os pacientes positivos para estes coccídeos, a contagem de linfócitos T CD4+ foi abaixo de 200 células/mm3 de sangue.Dissertação Modelagem molecular do fármaco olmesartana acoplado ao receptor de angiotensina AT1 em pH ácido ou fisiológico(2019-02-15) Esmaile, Stephany Campanelli; Oliveira, Jonas Ivan Nobre; ; ; Blaha, Carlos Alfredo Galindo; ; Oliveira, Cláudio Bruno Silva de;A hipertensão é um fator de risco para o acidente vascular cerebral (AVC), o qual predispõe pacientes à deficiências motoras e cognitivas. A atividade excessiva do receptor AT1 do cérebro está associada às exageradas respostas simpática e hormonal provocadas pelo estresse, vulnerabilidade à isquemia cerebrovascular e inflamação cerebral, processos que levam à lesão neuronal. Sendo assim, o uso de anti-hipertensivos como o Olmesartana medoxomila (Benicar ®) mostra-se promissor na prevenção do AVC seja ele isquêmico ou hemorrágico. Tal fármaco pertence à família dos bloqueadores do receptor de angiotensina (BRAs) e atua como agonista inverso. Possui alta seletividade e potência para o receptor AT1, é bem tolerado, com um perfil de efeito adverso semelhante ao do placebo e tem demonstrado ser mais efetivo no tratamento da hipertensão do que outros BRAs. Células endoteliais cerebrais e astrócitos, constituintes da barreira hematoencefálica, são ricos em receptor AT1 em suas membranas e o grau de afinidade fármaco-receptor depende do pH do meio. Regiões cerebrais acometidas por inflamações ou isquemias podem alcançar um pH de até 6.2 no meio extracelular, sendo o pH normal igual à 7.3. O presente trabalho visa comparar a natureza e proporção de interações intermoleculares do olmesartana com o receptor AT1 em um sistema cristalografado por raio X sob pH 6.2 e 7.3, assim como quantificar as energias de ligação entre os aminoácidos do receptor e o fármaco até um raio de 10Å. Os resultados indicam os principais aminoácidos do receptor AT1 que interagem com OLM, assim como os 105 aminoácidos existentes em um raio de 10Å que somam -588.25kcal/mol em pH 6.2 e -411.12 kcal/mol em pH 7.3. Isso implica que a energia de interação do receptor AT1 com OLM em pH6.2 é maior que em pH 7.3. A hipótese é que os efeitos neuroregenerativos do OLM serão mais prolongados em pH patológico, o que pode ser potencializado pela maior disponibilidade de angiotensina II para o receptor AT2. Nossos dados estão em concordância com os da literatura que elucidam o potencial terapêutico desse fármaco em cérebros pós-AVC.Dissertação Prevalência de Staphylococcus aureus resistente à meticilina em pacientes HIV positivo atendidos em um Hospital de referência na cidade do Natal-RN(2018-04-25) Djaló, Rafindrade Ganilson Ferreira; Melo, Maria Celeste Nunes de; ; ; Fernandes, José Verissimo; ; Oliveira, Cláudio Bruno Silva de;A espécie bacteriana Staphylococcus aureus é considerada um dos mais importantes patógenos humanos. Uma característica notável dessa espécie é a capacidade de adquirir resistência aos antibióticos, sendo a resistência à meticilina uma das mais significativas. Estudos recentes têm mostrado a presença de Staphylococcus aureus resistente à meticilina (MRSA) em certos grupos da população, tais como os pacientes HIV positivos, nos quais foi observado maiores riscos de infecções por esta linhagem. O objetivo deste estudo é determinar a prevalência de MRSA colonizando pacientes HIV positivos atendidos em um hospital de referência em doença infecciosas, na cidade do Natal-RN, Brasil. Para tanto, todos os pacientes HIV positivos em tratamento, no hospital selecionado para o estudo, foram convidados a participar da pesquisa e solicitado à assinatura do Termo de Consentimento Livre e Esclarecido (TCLE). Realizou-se um estudo transversal e descritivo, em que as amostras biológicas dos participantes foram obtidas através de swabs nasais. Os espécimes obtidos foram semeados no meio de cultivo ágar manitol salgado para o isolamento de S. aureus. As colônias sugestivas dessa espécie foram submetidas a testes laboratoriais de identificação como coloração de Gram, susceptibilidade à bacitracina e as provas da catalase e coagulase livre. A identificação de MRSA foi realizada através da técnica de disco-difusão, utilizando como marcador, o disco de cefoxitina, conforme recomendado pelo Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) 2017. A mesma técnica foi utilizada para avaliar a susceptibilidade a outros antimicrobianos. Foi realizada ainda a detecção dos genes mecA e lukF através da Reação em Cadeia da Polimerase (PCR). As informações relativas à condição clínica dos participantes foram obtidas mediante entrevista, realizada por meio de um questionário contendo 16 perguntas. Dos 400 pacientes que participaram do estudo, 129 (32,2%) estavam colonizados por S. aureus. Destes, nove (2,2%) eram MRSA, confirmados pela presença do gene mecA. Quanto ao gene lukF, apenas cinco abrigavam esse gene. A maioria dos MRSA apresentou sensibilidade à maioria dos antibióticos testados. No entanto, três amostras apresentaram resistência a mais de duas classes dos antimicrobianos. Não foi encontrada nenhuma associação entre a colonização por S. aureus, incluindo a linhagem MRSA e os fatores relacionados aos indivíduos estudados. Contudo, a presença da linhagem MRSA, reconhecida pela sua virulência e facilidade em adquirir mecanismos de resistência aos antimicrobianos, colonizando pacientes que apresenta maior vulnerabilidade a infecções pode representar um fator de risco para esse segmento da população.