Navegando por Autor "Medeiros, Mabelle de Araújo"
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TCC Análise estrutural e eletrônica de pequenos peptídeos de Alanina: um estudo de métodos in silico(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2022-12-13) Medeiros, Mabelle de Araújo; Fulco, Umberto Laino; http://lattes.cnpq.br/9579151361576173; http://lattes.cnpq.br/9441305190617028; Lima Neto, José Xavier de; http://lattes.cnpq.br/4087097955623085; Bezerra, Katyanna Sales; http://lattes.cnpq.br/5246433025467179Aminoácidos são os monômeros de proteínas e, por isso, sua geometria pode influenciar na estrutura e funcionamento proteicos. Alanina é um dos aminoácidos mais importantes, estando presente em grande quantidade nas proteínas e sendo bastante utilizado em estudos computacionais devido a suas características, que incluem ser o menor aminoácido quiral. Por estas razões, analisamos quatro estruturas formadas exclusivamente por alanina, sendo elas compostas por um, dois, três e quatro resíduos (ALA1, ALA2, ALA3 e ALA4, respectivamente). Estas estruturas foram submetidas a cálculos DFT, usando os funcionais M062X, B3LYP, B97D, WB97XD, BHandHLYP a PBE, ab initio, usando os métodos Hartree-Fock (HF) e MP2, com o conjunto de bases 6-31+g(d) para ambos os tipos de cálculo, e semi-empíricos, nomeadamente AM1 e PM3. Foi feita a otimização de sua geometria, a fim de comparar como o aumento da cadeia influenciou na estrutura dos resíduos de alanina e qual o efeito de cada método nos parâmetros estudados. Observamos que a geometria interna (comprimentos de ligação e ângulos) quase não foi afetada pelo método de cálculo aplicado, enquanto o número de resíduos na cadeia peptídica pode alterar ligeiramente a descrição dos ângulos, com AM1 e MP2 apresentando os menores desvios de ângulo de ligação. As cargas de Mülliken foram bastante semelhantes ao comparar os métodos de cálculo e os quatro grupos de cadeia peptídica, embora os resultados semi-empíricos tenham fornecido cargas atômicas ligeiramente diferentes quando comparadas com as de DFT, HF e MP2. Na energia total, observamos que os cálculos AM1, PM3 e HF apresentaram as maiores energias totais, enquanto B3LYP e WB97XD apresentaram os menores. Por fim, os orbitais moleculares de fronteira foram a característica mais afetada pela escolha do método de cálculo.