Navegando por Autor "Faustino, André Luís Fonseca"
Agora exibindo 1 - 3 de 3
- Resultados por página
- Opções de Ordenação
Tese Bioinformática aplicada ao desenvolvimento de estratégias de prognóstico e tratamento do câncer: estudos na prospecção de alvos terapêuticos, antígenos tumorais e na dinâmica de resposta a drogas(2018-11-01) Faustino, André Luís Fonseca; Souza, Sandro José de; ; ; Souza, Gustavo Antonio de; ; Lima, Lucymara Fassarella Agnez; ; Carraro, Dirce Maria; ; Balbino, Valdir;Essencialmente, a pesquisa do câncer é um campo que envolve vários ramos, abrangendo a compreensão da biologia do câncer, design de drogas e desenvolvimento terapêutico. De maneira geral, a pesquisa contra o câncer está concentrada no diagnóstico, prognóstico, tratamento e, finalmente, na cura do paciente. Nesse contexto, a bioinformática do câncer surge como um poderoso recurso, integrando dados públicos e, consequentemente, permitindo o avanço de aplicações clínicas. Têm-se como exemplo, o desenvolvimento de abordagens para tratamento, a descoberta de novas drogas e também, recentemente, de estratégias imunoterapêuticas. Neste trabalho, apresenta-se abordagens distintas para compreender a biologia do câncer com foco no seu tratamento e, principalmente, na predição do prognóstico. Cada capítulo mostra diferentes aplicações clínicas como, a previsão de resultados de sobrevida, oportunidades para novos tratamentos imunológicos e resistência a drogas. Nos capítulos iniciais são apresentados catálogos extensivos de genes associados a: i) marcadores de superfície de celular e ii) antígenos de câncer/testículo (CTAs). Em particular, foi demonstrado o efeito de assinaturas gênicas compostas por essas categorias, na predição do status de prognóstico em pacientes com câncer. Em um segundo momento, foi discutido o desenvolvimento de novas estratégias de imunoterapia baseadas em vacinas, combinando múltiplos CTAs. Particularmente, discute-se como as assinaturas de CTAs compostas por HEATR9, INSL3, GTSF1L e HSF5 melhoram o status de prognóstico em pacientes com melanoma. Por último, apresentamos uma metodologia com foco na regulação póstranscricional, a qual integra informação genotípica, dados de expressão e concentração de drogas para avaliar a resistência/sensibilidade do tratamento, utilizando dados de linhagem celular e de pacientes. Como conclusão, foram apresentadas três abordagens independentes para melhorar o tratamento do câncer, que podem ser usadas combinando ou não, os marcadores de prognóstico da superfície celular, o preditor de resposta a drogas e as vacinas contra o câncer. Ainda, como outros produtos importantes, são mencionados dois artigos publicados em períodos internacionais, bem como, uma patente em andamento.Dissertação Montagem e anotação de genomas mitocondriais amazônicos a partir de dados públicos disponíveis no NCBI(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2025-04-11) Silva, Larissa Martins Brito e; Souza, Jorge Estefano de Santana; Souza, Iara Dantas de; https://orcid.org/0000-0003-2347-042X; http://lattes.cnpq.br/8058577659019910; http://lattes.cnpq.br/1129701706757946; Faustino, André Luís Fonseca; Koroiva, RicardoOs avanços tecnológicos nos últimos anos permitiram o desenvolvimento de tecnologias que facilitaram o sequenciamento e armazenamento de dados genômicos em bancos de dados públicos, como o NCBI. Entretanto, espécies do Sul Global, especificamente espécies amazônicas, são pouco representadas nos bancos de dados públicos. Dessa forma, para reduzir essa lacuna, este estudo tem o objetivo de montar e anotar 100 genomas mitocondriais de peixes amazônicos utilizando dados públicos disponíveis no NCBI, contribuindo com dados de 22 novas espécies que não estavam presentes no GenBank. A precisão das montagens foram validadas por meio de comparações de identidade de sequência com mitogenomas de referência, alcançando até 100% de identidade para a espécie Pygocentrus nattereri (Kner, 1858). Além disso, também encontrou-se possíveis erros de rotulagem de espécies presentes nos bancos de dados públicos. Ao expandir os dados genômicos de peixes amazônicos, este estudo ajuda a preencher lacunas significativas nos bancos de dados genômicos, contribuindo com novos estudos de conservação, gestão sustentável da pesca e biodiversidade de peixes amazônicos. Além de disponibilizar os resultados em bancos de dados públicos, os dados também serão depositados em um site dedicado a reunir dados genômicos de espécies amazônicas com o objetivo de democratizar o acesso a dados genômicos.Artigo Resveratrol decreases the expression of genes involved in inflammation through transcriptional regulation(2018-10-24) Pinheiro, Daniele Maria Lopes; Oliveira, Ana Helena Sales de; Coutinho, Leonam Gomes; Fontes, Fabrícia Lima; Oliveira, Rayssa Karla de Medeiros; Oliveira, Thais Teixeira; Faustino, André Luís Fonseca; Silva, Vandeclécio Lira da; Campos, Julliane Tamara Araújo de Melo; Lajus, Tirzah Braz Petta; Souza, Sandro José de; Agnez-Lima, Lucymara FassarellaOxidative stress generated during inflammation is associated with a wide range of pathologies. Resveratrol (RESV) displays anti-inflammatory and antioxidant activities, being a candidate for the development of adjuvant therapies for several inflammatory diseases. Despite this potential, the cellular responses induced by RESV are not well known. In this work, transcriptomic analysis was performed following lipopolysaccharide (LPS) stimulation of monocyte cultures in the presence of RESV. Induction of an inflammatory response was observed after LPS treatment and the addition of RESV led to decreases in expression of the inflammatory mediators, tumor necrosis factor-alpha (TNF-α), interleukin-8 (IL-8), and monocyte chemoattractant protein-1 (MCP-1), without cytotoxicity. RNA sequencing revealed 823 upregulated and 2098 downregulated genes (cutoff ≥2.0 or ≤−2.0) after RESV treatment. Gene ontology analysis showed that the upregulated genes were associated with metabolic processes and the cell cycle, consistent with normal cell growth and differentiation under an inflammatory stimulus. The downregulated genes were associated with inflammatory responses, gene expression, and protein modification. The prediction of master regulators using the iRegulon tool showed nuclear respiratory factor 1 (NRF1) and GA-binding protein alpha subunit (GABPA) as the main regulators of the downregulated genes. Using immunoprecipitation and protein expression assays, we observed that RESV was able to decrease protein acetylation patterns, such as acetylated apurinic/apyrimidinic endonuclease-1/reduction-oxidation factor 1 (APE1/Ref-1), and increase histone methylation. In addition, reductions in p65 (nuclear factor-kappa B (NF-κB) subunit) and lysine-specific histone demethylase-1 (LSD1) expression were observed. In conclusion, our data indicate that treatment with RESV caused significant changes in protein acetylation and methylation patterns, suggesting the induction of deacetylase and reduction of demethylase activities that mainly affect regulatory cascades mediated by NF-кB and Janus kinase/signal transducers and activators of transcription (JAK/STAT) signaling. NRF1 and GABPA seem to be the main regulators of the transcriptional profile observed after RESV treatment.