Navegando por Autor "Farias Filho, Epitácio Dantas de"
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TCC análise de dados de RNA-SEQ com datasets de estudo sobre hipercolesterolemia familiar: uma abordagem complementar e comparativa(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2025-01-07) Oliveira, Davi Rodrigues de; Dalmolin, Rodrigo Juliani Siqueira; https://orcid.org/0000-0002-1688-6155; http://lattes.cnpq.br/4065178015615979; https://orcid.org/0009-0009-5024-6993; http://lattes.cnpq.br/0345921294013739; Farias Filho, Epitácio Dantas de; https://orcid.org/0000-0002-3865-5411; http://lattes.cnpq.br/4326200607523374; Martins, Daniella Regina Arantes; https://orcid.org/0000-0002-1350-5919; http://lattes.cnpq.br/3695151190501921Familial hypercholesterolemia (FH) is an autosomal dominant disease of genetic origin that directly increases levels of low-density lipoprotein (LDL-c). Due to its LDL-c alteration profile, FH increases the chances of developing atherosclerotic diseases, such as atherosclerotic heart disease (ICD-10 I.25.1) and atherosclerotic cardiovascular disease (ICD-10 I.25.0). Consequently, the primary treatment for FH is commonly the use of a maximum statin dosage. Utilizing a set of RNA-Seq public data from a study on the use of statins in patients with FH and an epidemiological dataset on ICD-10 I25.1 deaths, our objective is to carry out an RNA-Seq data analysis, integrating with information described in the literature and correlated epidemiological insights, in order to bring new perspectives that have not yet been proposed. A thorough analysis of epidemiological data obtained from public databases revealed that 2017 was the year with the highest number of ICD-10 I.25.1 death notifications, while 2020 and 2021 were the years with the lowest number of notifications. Furthermore, age and sex analyses indicated higher male mortality and an increase in deaths with age, with notable reductions among individuals over 80 during the pandemic. Finally, the analysis of RNA-Seq data revealed 15 altered genes in the ”before and after” comparison of statin use, as determined by concatenating the results of the three methods used (DGE, DTE, and DTU). Of these 15 altered genes, we identified two (LMBRD2 and HFE) that suggested new anti-atherosclerotic mechanisms promoted by statinsTCC Análise do transcriptoma de carcinoma renal de células claras baseada em RNAs não codificantes(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2022-07-22) Farias Filho, Epitácio Dantas de; Ferreira, Beatriz Stransky; Terrematte, Patrick Cesar Alves; 0000-0002-0385-0030; http://lattes.cnpq.br/4283045850342312; 0000-0003-4506-393X; http://lattes.cnpq.br/3142264445097872; 0000-0002-3865-5411; http://lattes.cnpq.br/4326200607523374; Torres, Taffarel Melo; 0000-0001-8626-520X; http://lattes.cnpq.br/2928579966249200; Souza, Iara Dantas de; 0000-0002-2550-6150; http://lattes.cnpq.br/8983310940285796O carcinoma renal de células claras é o subtipo mais comum entre os pacientes com câncer no sistema urinário e quando em metástase, apresenta uma baixa taxa de sobrevida. As alterações em nível de genoma e transcriptoma, especificamente dos mRNAs, já foram extensivamente analisadas e apenas nos últimos anos começaram a aparecer estudos mostrando a importância dos RNAs não-codificantes na regulação da expressão gênica. Desta forma, o objetivo deste estudo é investigar a atividade dos RNAs, com um foco nos não codificantes, no carcinoma renal de células claras, através da análise e integração de dados de pacientes do The Cancer Genome Atlas utilizando técnicas de bioinformática, analisando padrões dos pacientes da coorte, alterações genômicas e de transcriptoma. A análise exploratória mostrou que o estado de sobrevida dos pacientes está atrelado significativamente com o estadiamento da doença. A análise de expressão diferencial entre tecidos normais e tumorais, identificou 2.999 RNAs codificantes, 271 lncRNAs e 132 miRNAs, com um Log2FC = |2| e FDR < 0.01. A análise funcional dos genes diferencialmente expressos mostrou um enriquecimento de termos relacionados a vias oncológicas renais e doenças relacionadas ao rim. Por fim, a construção da rede de competição endógena, permitiu a identificação e visualização de alvos comuns entre 18 lncRNAs e 75 miRNAs. A partir de curvas de sobrevida com p-valor significativo associadas à expressão dos 18 lncRNAs pertencentes à rede, foi observado o comportamento inverso de dois lncRNAs, EPB41L4A-AS1 e SNHG15, que quando subexpressos se relacionam com pior e melhor prognóstico, respectivamente. Por fim, estudos na literatura mostram que estes lncRNAs apresentam características para prováveis biomarcadores.Dissertação Assinatura transcricional do carcinoma renal de células claras baseada no RNA endógeno competidor(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2023-08-15) Farias Filho, Epitácio Dantas de; Ferreira, Beatriz Stransky; Terrematte, Patrick César Alves; https://orcid.org/0000-0003-4506-393X; http://lattes.cnpq.br/3142264445097872; https://orcid.org/0000-0002-3865-5411; http://lattes.cnpq.br/4326200607523374; Paschoal, Alexandre Rossi; Dalmolin, Rodrigo Juliani Siqueira; https://orcid.org/0000-0002-1688-6155; http://lattes.cnpq.br/4065178015615979O carcinoma renal, por ser uma patologia de desenvolvimento silencioso e multifatorial, é caracterizada por apresentar uma alta taxa de pacientes com metástases. Após diversos estudos elucidarem a atividade dos genes codificantes no desenvolvimento metastático do carcinoma renal, novos estudos buscam avaliar a associação de genes não codificantes, como RNA endógeno competidor (ceRNA), ao processo metastático. Desta forma, o objetivo deste estudo é construir uma assinatura transcricional para o carcinoma renal de células claras (ccRCC), associada ao desenvolvimento metastático a partir de uma rede de ceRNA e analisar as prováveis funções biológicas desempenhada pelos participantes da assinatura. Utilizando os dados de ccRCC do The Cancer Genome Atlas (TCGA), construímos nove assinaturas transcricionais a partir de oito técnicas de seleção de características e analisamos a sensibilidade e especificidade da classificação dos modelos de regressão no processo de benchmarking. Consequentemente, foram obtidos os genes da assinatura e foram realizadas análises de alterações somáticas e de número de cópias, análise de risco para sobrevida e progressão metastática, e análises de anotação funcional. Neste estudo apresentamos uma assinatura transcricional de 11 genes, composta por 2 RNAs longos não codificantes, SNHG15 e AF117829.1, 2 miRNAs, hsa-miR-130a-3p e hsa-mir-381-3p, e 7 mRNAs, BTBD11, INSR, HECW2, RFLNB, PTTG1, HMMR, RASD1. A validação utilizando o conjunto de dados externos do International Cancer Genome Consortium (ICGC) possibilitou avaliar a generalização da assinatura, que apresentou uma acurácia de 72% e área abaixo da curva de 81.5%. As análises genômicas identificaram que os participantes da assinatura se localizam em cromossomos com regiões altamente mutadas (G-index > 2). Os genes hsa-miR-130a-3p, AF117829.1 e HECW2 tiveram uma relação significativa entre a expressão e a sobrevida dos pacientes, e os dois últimos possuem relação significativa com o desenvolvimento metastático. Além disso, foi analisada a anotação funcional em vias importantes para o desenvolvimento tumoral, como: PI3K/AKT, TNF, FoxO, regulação da transcrição da RNA polimerase 2, controle celular e entre outras. Por fim, ao analisar as conexões dos genes da assinatura dentro da rede ceRNA em conjunto com estudos da literatura, foi possível obter um panorama das atividades desempenhadas por eles dentro do ccRCC. Sendo assim, esta assinatura transcricional pode identificar genes não codificantes como potenciais biomarcadores a serem utilizados para uma melhor compreensão do carcinoma renal, bem como no desenvolvimento de futuros tratamentos na área clínica.