Navegando por Autor "Bezerril, Leonardo Mafra"
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Artigo Charge transport in fibrous/not fibrous -helical and variant peptides(American Institute of Physics, 2011-01-31) Bezerril, Leonardo Mafra; Fulco, Umberto Laino; Oliveira, Jonas Ivan Nobre; Corso, Gilberto; Albuquerque, Eudenilson Lins de; Freire, V. N.; Caetano, W. S.Although differing only by the Ala→Gln substitution at the fifth or seventh position of the 3-peptide amino acid sequence Leu-Glu-Thr-Leu-Ala-Lys-Ala3, the 5Q3 variant forms fibrous assemblies more attenuated than those of the 3-peptide, while the 7Q3 variant does not form fibrils. A tight-binding transport modeling was performed to obtain their current-voltage patterns, with hopping energies of the dipeptides calculated within the density functional theory framework. Beyond the semiconductor character, we obtain that the current pattern can be used to distinguish them, suggesting that it can be useful for the development of devices as diagnostics tools for amyloidosislike diseasesArtigo Current–voltage characteristics of double-strand DNA sequences(Elsevier, 2009-09-07) Moreira, Darlan Araújo; Bezerril, Leonardo Mafra; Albuquerque, Eudenilson Lins de; Fulco, Umberto Laico; Oliveira, E. L. de; Sousa, J. S. deWe use a tight-binding formulation to investigate the transmissivity and the current–voltage (I–V) characteristics of sequences of double-strand DNA molecules. In order to reveal the relevance of the underlying correlations in the nucleotides distribution, we compare the results for the genomic DNA sequence with those of artificial sequences (the long-range correlated Fibonacci and Rudin–Shapiro one) and a random sequence, which is a kind of prototype of a short-range correlated system. The random sequence is presented here with the same first neighbors pair correlations of the human DNA sequence. We found that the long-range character of the correlations is important to the transmissivity spectra, although the I–V curves seem to be mostly influenced by the short-range correlationsArtigo Electronic specific heat of an a3-helical polypeptide and its biochemical variants(Elsevier, 2012-07-23) Bezerril, Leonardo Mafra; Mendes, G. A.; Albuquerque, Eudenilson Lins de; Fulco, Umberto Laico; Caetano, E. W. S.; Freire, V. N.We perform a theoretical study of the temperature dependent electronic specific heat at constant volume CV ðTÞ for a fibrous a3-helical polypeptide, which has the amino acid sequence (Leu-Glu-Thr-Leu-Ala-Lys- Ala)3, considering only its primary structure. We focus also on two different variants of the a3-helical polypeptide, namely those with (5Qa3 variant, mutation Ala5Gln) and without (7Qa3 variant, mutation Ala7Gln) fibrous assemblies. The energy spectra are calculated using a two-dimensional Schrödinger equation within a tight-binding approximation in which the isolated amino acid vertical ionization energy and the hopping terms are found using density functional theory computationsTCC Mobility unevenness in rock–paper–scissors models(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2024-08-09) Leite, Sara Rodrigues; Batista, Simone; 0000-0001-9436-9797; http://lattes.cnpq.br/1196553599066849; 0000-0003-3343-7965; https://wwws.cnpq.br/cvlattesweb/PKG_MENU.menu?f_cod=703E10B4776FF4C3B299BFC1BA8BD61F#; Silva, Josinaldo Menezes da; 0000-0003-3326-0688; http://lattes.cnpq.br/0379850759501023; Bezerril, Leonardo Mafra; http://lattes.cnpq.br/0256360926638068; Silva, Francisco Edson da; http://lattes.cnpq.br/4556731513561307We investigate a tritrophic system whose cyclic dominance is modelled by the rock–paper–scissors game. We consider that organisms of one or two species are affected by movement limitations, which unbalances the cyclic spatial game. Performing stochastic simulations, we show that mobility unevenness controls the population dynamics. In the case of one slow species, the predominant species depends on the level of mobility restriction, with the slow species being preponderant if the mobility limitations are substantial. If two species face mobility limitations, our outcomes show that being higher dispersive does not constitute an advantage in terms of population growth. On the contrary, if organisms move with higher mobility, they expose themselves to enemies more frequently, being more vulnerable to being eliminated. Finally, our findings show that biodiversity benefits in regions where species are slowed. Biodiversity loss for high mobility organisms, common to cyclic systems, may be avoided with coexistence probability being higher for robust mobility limitations. Our results may help biologists understand the dynamics of unbalanced spatial systems where organisms’ dispersal is fundamental to biodiversity conservation.Dissertação O Modelo de Ising inomogêneo: uma interrupção contínua entre as redes quadrada e triangular(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2007-10-15) Bezerril, Leonardo Mafra; Mariz, Ananias Monteiro; http://lattes.cnpq.br/7218040405934056; http://lattes.cnpq.br/0256360926638068; Nobre, Fernando Dantas; http://lattes.cnpq.br/2007917360087831; Souza, Adriano de Oliveira; http://lattes.cnpq.br/5538200920343666Investigamos o diagrama de fases do modelo de Ising, com interações feromagnéticas e antiferromagnéticas, emuma rede bidimensional inomogênea caracterizada por duas constantes de troca (J1 e J2), a qual permite interpolar contínuamente as redes quadrada (J2 = 0) e triangular (J2 = J1) uniformes. Utilizando o método de simulação de Monte Carlo, através da dinâmica deMetropolis aplicada de forma seqüencial, calculamos a magnetização e a susceptibilidade para redes de diversos tamanhos e aplicando técnicas de escalonamento para tamanhos finitos obtemos, através de um colapso de dados, valores para a temperatura crítica e expoentes críticos em função do parâmetro α = J2 J1, contido no intervalo [0, 1]. No caso ferromagnético observamos que a temperatura crítica Tc cresce linearmente com α em todo o intervalo de variação deste parâmetro, enquanto no caso antiferromagnético, o comportamento linear (decrescente) de Tc é observado somente para pequenos valores de α; no intervalo [0.6, 1], onde os efeitos de frustração são mais pronunciados, a temperatura crítica sofre uma redução mais significativa, possivelmente não linear, para seu valor limite Tc = 0, que corresponde à rede triangular homogênea, antiferromagnética, completamente frustrada.Tese Transporte eletrônico e propriedades termodinâmicas de nanobiomoléculas(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2009-12-18) Bezerril, Leonardo Mafra; Albuquerque, Eudenilson Lins de; ; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4783172H5; ; http://lattes.cnpq.br/0256360926638068; Medeiros, Fábio Ferreira de; ; http://lattes.cnpq.br/7268744971022470; Vasconcelos, Manoel Silva de; ; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4728584D2; Mauriz, Paulo Wilson; ; http://lattes.cnpq.br/7636664451155498; Silva, Luciano Rodrigues da; ; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4783310Y1Nesta tese, investigamos a transmissividade e as características de corrente como função da diferença de potencial, no contexto da ligação forte, em seqüências de dupla fita do DNA. Com o intuito de investigar a relevância das correlações subjacentes nas distribuições dos nucleotídeos, comparamos os resultados de uma seqüência genômica do DNA com duas seqüências artificiais (Fibonacci e Rudin-Shapiro, que apresentam correlação de longo alcance) e uma seqüência aleatória, protótipo de sistemas de correlação de curto alcance. A seqüência aleatória utilizada apresenta a mesma correlação de pares de primeiros vizinhos que a seqüência do DNA humano. Observamos que a característica de correlação de longo alcance é importante para o espectro de transmissividade, apesar das curvas IXV serem mais influenciadas por correlações de curto alcance. Neste trabalho, analisamos também as propriedades térmicas e eletrônicas de uma seqüencia α-hélice, obtida de um peptídeo α3, o qual apresenta a seguinte seqüência unidimensional (Leu-Glu-Thr-Leu-Ala-Lys-Ala)3 (estrutura primária). Cálculos ab initio quânticos são utilizados para obter as energias dos orbitais moleculares mais altos (HOMO, highest occupied molecular orbital), bem como suas integrais de transferências de cargas quando a seqüência α-hélice forma uma estrutura fibrosa (variante 5Q) e não fibrosa (variante 7Q), as quais podem ser observadas através de microscopia eletrônica de transmissão. A diferença entre as duas estruturas é que a estrutura 5Q (7Q) apresenta a substituição Ala → Gln na 5a (7a) posição, respectivamente. Nós estimamos, teoricamente, a densidade de estado bem como o espectro de transmissão eletrônico dos peptídeos, utilizando um Hamiltoniano no formalismo da ligação-forte juntamente com a equação de Dyson. Além disso, nós resolvemos a equação de Schrödinger dependente do tempo para obter o espalhamento de um pacote de onda inicialmente localizado. Nós calculamos também o comprimento de localização e, por fim, o calor específico quântico. Vale lembrar que a formação de proteínas fibrosas podem estar associadas à doenças, de forma que as importantes diferenças observadas no estudo das propriedades eletrônicas de transporte nos encorajam a sugerir este método como uma ferramenta de diagnóstico molecular