Navegando por Autor "Albuquerque, Eudenilson Lins de"
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Tese Absorção em quasi-cristais fotônicos(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2021-07-27) Silva, Everson Frazão da; Vasconcelos, Manoel Silva de; http://lattes.cnpq.br/6345339220512423; http://lattes.cnpq.br/5742169631007551; Anselmo, Dory Helio Aires de Lima; http://lattes.cnpq.br/0554474279738500; Albuquerque, Eudenilson Lins de; http://lattes.cnpq.br/3594651355252245; Pereira Júnior, João Milton; http://lattes.cnpq.br/8000258491459487; Costa Filho, Raimundo Nogueira da; http://lattes.cnpq.br/0434393043515628Depois do trabalho pioneiro de Yablonovitch (em 1987) sobre cristais fotônicos, houve um interesse crescente nos estudossobre a propagação de ondas eletromagnéticas em multicamadas periódicas, principalmente pela possibilidade de guiar,permitir ou proibir a propagação da luz em determinadas faixas de frequência com o uso dos band gaps. Por outro lado, após ostrabalhos pioneiros de Kohmoto (também em 1987), o estudo dos quasi-cristais fotônicos vem recebendo bastante destaque. Osquasi-cristais fotônicos exibem ordem de longo alcance, simetria não translacional e uma característica nos espectros ópticosde auto-similaridade, uma propriedade bastante interessante nos estudos dos fractais. Nesta tese de doutorado, abordaremos umestudo sobre o espectro de absorção e transmissão óptica em multicamadas, utilizando a teoria dos quasi-cristais fotônicos. Atécnica que utilizamos para o cálculo do espectro óptico é a técnica da matriz transferência. Os quasi-cristais fotônicos queestudamos são formados pelas sequências de Octonacci e Dodecanacci. Também, os grafenos são materiais que receberambastante atenção por suas propriedades optoeletrônicas, mesmo com ausência de band gap. Nesta tese usamos o Grafeno nasinterfaces entre as camadas para obtenção dos espectros e comparamos os resultados com o caso sem grafenos. Investigamostambém o efeito do potencial químico para o controle dos band gaps nessas estruturas, bem como a influência da incidênciaoblíqua. O estudo da absorção coerente perfeita tem recebido também bastante destaque nos últimos anos, sobretudo pordiversas aplicações tecnológicas, como moduladores, refletores de Bragg, estruturas plasmônicas, entre outras. Por outro lado,sistemas hermitianos, anteriormente presentes apenas na mecânica quântica, tiveram seus estudos se expandindo para sistemas-acústicos e eletrônicos. Os sistemas não hermitianos, tiveram seu equivalente em sistemas ópticos onde ocorre o quechamamos de simetria de paridade-tempo (simetria PT), onde os índices de refração do material satisfazem a condição n(x) =n * (-x). Nesta tese calculamos ainda o espectro de transmissão em um cristal fotônico com simetria PT que são formados porsequências quasi-periódicas bastante conhecidas na literatura, a saber: Fibonacci, Thue Morse e Duplo Período. Em nossosresultados mostramos a existência de picos de alta transmissão em conseqüência da definição da simetria PT nos quasi-cristaisfotônicos.Tese Análise do Efeito Goos-Hanchen e Não-reciprocidade do fluxo de potência em antiferromagnéticos(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2009-06-26) Lima, Francinete de; Dumelow, Thomas; Albuquerque, Eudenilson Lins de; ; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4783172H5; ; http://lattes.cnpq.br/6971289656108891; ; Costa, José Alzamir Pereira da; ; http://lattes.cnpq.br/5592146590288686; Queiroz Junior, Idalmir de Souza; ; http://lattes.cnpq.br/8047604543096116; Anselmo, Dory Hélio Aires de Lima; ; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4790590Y7Este estudo observa que, em certas situações, um raio de luz refletido pode ser deslocado lateralmente em relação ao raio incidente com incidência normal (efeito Goos-H anchen). A não-reciprocidade da reflexão e a propriedade fundamental para se conseguir este deslocamento lateral. Para isto, consideramos a reflexão de um raio de luz em um antiferromagnético na presença de um campo magnético externo, nas frequências associadas com os polaritons de magnons. Este sistema, mesmo na ausência de absorção, mostra não-reciprocidade na fase da radiação refletida, nas regiões "reststrahl" (reflexão total), no fluxo de potência dentro do antiferromagnético. Este fluxo se propaga paralelo a superfície mesmo em incidência normal. Em um modelo simples, um raio finito pode ser considerado como uma soma Fourier de ondas planas. Na reflexão em um antiferromagneto, devido a não-reciprocidade na fase, a interferência entre as ondas planas refletidas efetivamente gera um deslocamento lateral no raio refletido em relação ao raio incidente. Nas regiões "reststrahl", o efeito também pode ser descrito em termos da propagação do fluxo de energia paralelo a superfície dentro do antiferromagneto. Para confirmar o efeito, e investigá-lo com mais profundeza, as seguintes simulações foram feitas: Simulação de reflexão de um raio gaussiano incidente normalmente sobre o antiferromagneto MnF2. Um deslocamento do raio refletido e observado para frequências na região de "reststrahl" e também na região do volume. Os resultados estão em acordo com o modelo clássico do efeito Goos-Hanchen; Simulação do perfil do campo no plano xy, onde y e perpendicular a superfície e z é a direção do campo externo. A simulação mostra não somente o deslocamento do raio refletido, mas também o perfil do campo dentro do antiferromagneto (representando essencialmente uma onda evanescente nas regiões de "reststrahl") que também sofre um deslocamento lateral; Simulação da transmissão através de um filme antiferromagneto. Os cálculos mostram que o raio transmitido não sofre deslocamento. Este resultado está associado com o fato que a fase transmitida e recíproca; Simulação do fluxo de potência nas regiões "reststrahl" (reflexão total) e regiões de volume (transmissão dentro da amostra), com o objetivo de analisar o comportamento da energia nestas regiõesDissertação Análise energética dos fármacos Zanamivir e Oseltamivir associados a neuraminidase selvagem e com mutação HIS274TIR(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2020-09-11) Souza, Mylene Radmila de Oliveira; Fulco, Umberto Laino; Albuquerque, Eudenilson Lins de; ; http://lattes.cnpq.br/3594651355252245; ; http://lattes.cnpq.br/9579151361576173; ; http://lattes.cnpq.br/5858947460858441; Bezerra, Katyanna Sales; ; http://lattes.cnpq.br/5246433025467179; Barbosa Filho, Francisco Ferreira; ; http://lattes.cnpq.br/2664045440231962A influenza A (H1N1) é uma virose respiratória aguda e contagiosa. Sua cepa foi reconhecida no início do ano de 2009, e constitui pelo menos a metade das causas de pandemias de gripes em humanos. O mecanismo de infecção do vírus se dá por meio das duas glicoproteínas de superfície, a hemaglutinina e a neuraminidase. A hemaglutinina liga-se aos receptores do ácido siálico, induzindo a incorporação do envelope viral pela célula e a neuraminidase age clivando o ácido siálico dos receptores celulares. Esse mecanismo impede o agrupamento viral e, por esse motivo, tornou-se um importante alvo para fármacos antivirais. Atualmente, o Oseltamivir e o Zanamivir são os agentes de escolha para o tratamento e profilaxia da gripe por apresentar vantagens em relação aos outros fármacos, entretanto, já foram descritos casos de resistência a eles, o que se tornou motivo de preocupação para os profissionais de saúde. Tal resistência é acarretada por substituições de aminoácidos que se localizam no sítio ativo da neuraminidase, o que pode influenciar na afinidade e especificidade da ligação ao receptor. A substituição da histidina por uma tirosina (HIS274TIR) é a mais encontrada. A partir da obtenção das estruturas cristalográficas das proteínas escolhidas (3TI6), (3CL0), (3TI5) e (3CKZ) foi calculada a energia de interação do Zanamivir e Oseltamivir co-cristalizado à neuraminidase selvagem e com a mutação His274Tir, através de técnicas computacionais de modelagem molecular, com base na abordagem da Teoria Funcional da Densidade (DFT) associada ao Método de Fracionamento Molecular com Capas Conjugadas (MFCC). Os resultados obtidos constataram que os resíduos com os valores energéticos mais significativos estão situados no sítio ativo da neuraminidase interagindo com os dois antagonistas estudados, tal fato enfatiza a importância de mantê-los preservados com o objetivo de não comprometer a afinidade entre eles. Com esse conhecimento, é possível realizar um aprimoramento no design dos fármacos para que estes possam ser mais específicos e eficientes no combate à disseminação da gripe.Tese Análise energética in silico das interações: ERα-Tamoxifeno, ERα- Raloxifeno e Integrina αVβ3-Cilengitide(2016-10-07) Mota, Kyvia Bezerra; ; http://lattes.cnpq.br/9579151361576173; ; http://lattes.cnpq.br/6175130067753726; Andrade Neto, Valter Ferreira de; ; http://lattes.cnpq.br/4863082845974813; Gavioli, Elaine Cristina; ; http://lattes.cnpq.br/1759328747578795; Albuquerque, Eudenilson Lins de; ; http://lattes.cnpq.br/3594651355252245; Galvão, Douglas Soares; ; http://lattes.cnpq.br/9138028556380501; Moura, Francisco Anacleto Barros Fidelis de; ; http://lattes.cnpq.br/2051616130490628Essa tese trata de duas pesquisas com diferentes naturezas conceituais no campo da modelagem molecular, porém baseadas em semelhantes princípios teóricos da física quântica e da química computacional. No primeiro estudo, as estabilidades dos sistemas ERα-OHT (Receptor α de Estrógeno-Hidroxitamoxifeno), ERα-RAL (Receptor α de Estrógeno-Raloxifeno) e Integrina αvβ3-Cilengitide foram determinadas em termos energéticos a partir da técnica de fracionamento molecular com capuzes conjugados (MFCC) e no escopo da teoria do funcional da densidade (DFT) seguindo o esquema GGA-PBE-Grimme para calcular a interação energias dos sistemas estudados. No primeiro estudo, foi possível predizer a relevância individual dos aminoácidos Glu, Asp, Arg, Lys no sistema com o Tamoxifeno e Glu, Asp e Lys com o Raloxifeno. Para isso ser possível, as forças de atração e repulsão dos resíduos que compõem os sistemas foram calculadas. Cada um desses resíduos apresentou uma energia de interação que variou dependendo da natureza química da sua cadeia lateral, do ambiente de microsolvatação que o envolve e dos contatos intermoleculares que estabelece. O estudo pioneiro da estabilidade conformacional em termos energéticos de uma região livre de aminoácidos incitará pesquisas centradas no desenvolvimento e síntese de novos antagonistas utilizados no tratamento de diversas patologias comuns na população geral. No segundo estudo, foram determinadas as propriedades energéticas do sistema Integrina αVβ3-Cilengitide, cuja estrutura cristalográfica apresenta cátions Mn+2. Observou-se a importâncias dos aminoácidos Ser, Asp, Leu, Arg, Lys, Ala e Pro na interaçao da integrina com o fragmento RGD (R: arginina; G: glicina; D: ácido aspártico) do cilengitide. A importância da integrina com o fragmento RGD no mecanismo de adesão de diversas células envolvidas nas doenças cancerígenas e também na implantação embrionária permitirá o desenvolvimento de novas terapias impactantes na sobrevida de pacientes portadores de diversas neoplasias e na reprodução humana.Dissertação Análise in silico da interação entre a integrina α2β1 e o colágeno(2016-03-18) Bezerra, Katyanna Sales; ; ; Albuquerque, Eudenilson Lins de; ; Freire, Valder Nogueira;A matriz extracelular (MEC) dos tecidos conjuntivos representa um complexo de numerosos membros de várias famílias de proteínas que delineiam sua integridade estrutural e várias funções fisiológicas. As interações que ocorrem entre a célula e a matriz desempenham um papel preponderante na fixação celular e migração, assim como também regulam e promovem a diferenciação celular e a expressão de genes. O controle dessas interações celulares é crucial para grande parte dos processos biológicos. As integrinas são uma família de glicoproteínas transmembranares, que funcionam como os principais receptores metazoários para a adesão celular, desempenhando um papel central em funções de suporte físico para a transdução de sinais, montagem do citoesqueleto de actina, expressão gênica e funções celulares. Estas glicoproteínas podem se ligar a glicoproteínas da matriz extracelular, tal como o colágeno, esta ligação permite a regulação e integridade da adesão celular, migração celular e resposta imune. Neste sentido, este trabalho tem como objetivo realizar uma análise ab initio da interação entre o domínio-I da integrina α2β1 e o colágeno com sequência GFOGER. A análise foi desenvolvida utilizando-se cálculos de mecânica quântica, no âmbito da Teoria do Funcional da Densidade (DFT), com aproximações do Gradiente Generalizado (GGA) para descrição dos efeitos de correlação e troca. As energias de interação entre os resíduos do domínio-I α2 da integrina e os resíduos do colágeno foram calculadas utilizando-se o método de fragmentação molecular com capas conjugadas (MFCC). Os resultados encontrados comprovam a importância do íon metálico presente na região MIDAS da integrina para a interação com a molécula do colágeno. A análise das energias de interação apresentaram os resíduos Glu11, Glu33, Glu55, Arg12, Arg34 e Arg56 da sequência GFOGER do colágeno, como cruciais para a interação com a integrina. Já os resíduos da integrina que demonstraram ser de grande relevência para a interação foram a Thr221, Asp219, Asp254 e Glu256. Além disso, os resultados também destacam a importância da alteração da conformação destes resíduos durante a interação entre as proteínas. Logo, o conhecimento das peculiaridades que envolvem a interação entre a integrina α2β1 podem auxiliar a compreensão de eventos ainda não totalmente esclarecidos, bem como fornecer dados relevantes sobre os aspectos particulares apresentados em modelos de mutações.Artigo Band gaps in the terahertz frequency range in quasiperiodic one-dimensional magnonic crystals(Elsevier, 2010) Costa, Carlos Humberto Oliveira; Barbosa, P. H. R.; Barbosa Filho, F. F.; Vasconcelos, Manoel Silva de; Albuquerque, Eudenilson Lins deIn this work we investigate magnonic band gaps, in the terahertz (THz) frequency range, in periodic and quasiperiodic (Fibonacci sequence) magnonic crystals formed by layers of Cobalt (Co) and Permalloy (Py). Our theoretical model is based on a magnetic Heisenberg Hamiltonian in the exchange regime, together with a transfer-matrix treatment within the random-phase approximation (RPA). For periodic arrangements the bulk band structure is analogous to those found in photonic crystals, while for quasiperiodic multilayers it presents additional pass bands similar to those found in doped electronic materialsDissertação Biodegradação de hidrocarbonetos aromáticos policíclicos: prospecção metagenômica e modelagem computacional 3-D de proteínas(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2011-05-23) Sousa, Bruno Gomes de; Fulco, Umberto Laino; Blaha, Carlos Alfredo Galindo; ; http://lattes.cnpq.br/2307806644081146; ; http://lattes.cnpq.br/9579151361576173; ; http://lattes.cnpq.br/8255679020994527; Albuquerque, Eudenilson Lins de; ; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4783172H5; Almeida, Paulo Fernando de; ; http://lattes.cnpq.br/8972128111026703O conhecimento sobre os procariotos nativos em locais de risco favorece a aplicação de biotecnologias para biorremediação. Estratégias independentes de cultivo, como metagenômica, contribuem para aprofundar o conhecimento microbiológico, possibilitando estudos com organismos não cultiváveis acerca do status microbiológico nativo e seu potencial papel na biodegradação de, por exemplo, Hidrocarbonetos Aromáticos Policíclicos (HAP s). Considerando o bioma de mangue uma interface frágil e crítica de fronteira com o oceano, este trabalho caracteriza a microbiota nativa de mangue com potencial biodegradador de HAP s utilizando um biomarcador molecular para detecção e avaliação da diversidade bacteriana em áreas sob influência de indústrias petrolíferas através da PCR-DGGE na Bacia Petrolífera Potiguar (BPP). Foi escolhido um biomarcador molecular metabólico, enzima PcaF, para detecção de procariotos degradadores de HAP s. Com o biomarcador, fingerprints foram obtidos de amostras de Paracuru-CE, Fortim-CE e Areia Branca-RN, revelando a ocorrência de flutuações das comunidades microbianas de acordo com os períodos de amostragem e em resposta ao impacto por petróleo. Através da análise das comunidades microbianas frente à interferência da indústria do petróleo, em Areia Branca-RN e Paracuru-CE foi observado que o petróleo é determinante para a diversidade microbiana. Fortim-CE provavelmente não tem influência direta da atividade petrolífera. No intuito de obter dados para o melhor entendimento do transporte e biodegradação de HAP s, foram desenvolvidos estudos in silico de modelagem e simulação computacional a partir da obtenção de modelos 3-D de proteínas envolvidas na degradação do fenantreno, no transporte de HAP s e também a obtenção do modelo 3-D da enzima PcaF. Estudos de dockings com substratos e produtos forneceram dados para o melhor entendimento sobre o mecanismo de transporte e catálise de HAP sTese Biofísica molecular: do transporte eletrônico em sistemas biológicos à descrição quântica da estabilidade do colágeno humano(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2015-02-26) Oliveira, Jonas Ivan Nobre; Fulco, Umberto Laino; Albuquerque, Eudenilson Lins de; ; http://lattes.cnpq.br/3594651355252245; ; http://lattes.cnpq.br/9579151361576173; ; http://lattes.cnpq.br/2461374517882321; Caetano, Ewerton Wagner Santos; ; http://lattes.cnpq.br/6647492142392254; Corso, Gilberto; ; http://lattes.cnpq.br/0274040885278760; Vieira, Vinícius Manzoni; ; http://lattes.cnpq.br/7335017320399198Esta tese trata de duas pesquisas no campo da modelagem molecular, com diferentes naturezas conceituais, porém, baseadas em semelhantes princípios teóricos da física quântica e da química computacional. No primeiro estudo, com o intuito de esclarecer os aspectos estruturais e energéticos da estabilidade da tripla-hélice do colágeno humano, foram quantificadas as energias de interação entre os resíduos de aminoácidos que compõem o peptídeo homotrimérico T3-785, por intermédio de cálculos de Mecânica Quântica na luz da Teoria do Funcional da Densidade (DFT) e do método de Fracionamento Molecular com Capuzes Conjugados (MFCC). Assim, as forças de atração e repulsão de cada um dos 90 resíduos que compõem o sistema foram assinadas e as regiões com alta/baixa estabilidade identificadas e comparativamente analisadas. Os dados obtidos aprofundaram as discussões sobre a estabilidade conformacional do colágeno. Na segunda pesquisa, propriedades de transporte eletrônico de dois modelos biológicos foram exploradas. Nesse sentido, 27 miRNAs associados ao autismo e peptídeos formados pelas sequências (Thr-Ala)n e (Ala-Lys)n tiveram suas curvas de corrente-voltagem (I x V) calculadas. Os cálculos computacionais foram parcialmente executados pelo método quântico DFT e, fundamentalmente, dentro de um modelo tight-binding, em conjunto com a técnica de matriz de transferência. No caso dos miRNAs, os resultados sugerem que um tipo de biosensor pode ser desenvolvido para distinguir diferentes tipos de autismo. Já os peptídeos analisados, demonstraram-se como bons candidatos para a construção de um diodo molecular. Ambos os resultados podem fundamentar e estimular pesquisas experimentais com essas biomoléculas no campo da nanoeletrônica.Tese Bioquímica quântica de interações ligante-proteína entre entre potenciais agentes anti maláricos e as enzimas DHODH e TyrRS do Plasmodium falciparum(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2023-11-10) Costa, Aranthya Hevelly de Lima; Fulco, Umberto Laino; Oliveira, Jonas Ivan Nobre; https://orcid.org/0000-0003-1646-921X; http://lattes.cnpq.br/2461374517882321; https://orcid.org/0000-0002-4528-9878; http://lattes.cnpq.br/9579151361576173; https://orcid.org/0000-0003-0867-677X; http://lattes.cnpq.br/7800733727878164; Albuquerque, Eudenilson Lins de; Rachetti, Vanessa de Paula Soares; Bezerra, Eveline Matias; Costa, Roner Ferreira daA malária é uma doença parasitária, originada de protozoários unicelulares que compõem o gênero Plasmodium, abrangendo mais de 90 países, sendo predominante nos continentes africano e asiático. O uso de medicamentos antimaláricos é crucial tanto para o tratamento quanto para a prevenção da doença. No entanto, os parasitos começaram a desenvolver resistência aos medicamentos antimaláricos, tornando mais difícil o combate do parasito. Como resultado, novas abordagens terapêuticas são necessárias para superar a resistência aos medicamentos nos parasitos e aumentar a eficácia da terapia medicamentosa contra a doença. O objetivo desta pesquisa é fornecer uma caracterização das inter-relações que interferem no comportamento dos complexos proteína-ligante de enzimas provenientes do Plasmodium falciparum. O primeiro estudo visa caracterizar a diidroorotato desidrogenase (DHODH), apresentando os valores energéticos da enzima nos complexos com a PfDHODH de tipo selvagem, com os ligantes DSM483, DSM557 e DSM1, e com PfDHODH com a mutação C276F, em conjunto com o DMS1. No segundo estudo, a pesquisa é realizada com a tirosina RNAt sintetase (TyrRS), sendo também estudada tanto na sua forma selvagem PfTyrRS, ligada ao ML901-Tyr e AMS-Tyr, quanto com a mutação S234C, novamente em complexo com o ML901-Tyr. Utilizando o método de fracionamento molecular com capas conjugadas (MFCC), os resíduos de aminoácidos foram particionados para calcular interações individuais com o formalismo DFT (Teoria da Densidade Funcional). O estudo com a enzima PfDHODH revelou que os resíduos de aminoácidos Arg265, Cys184 e Phe188 foram cruciais nas interações, e apresentaram energias de interação significativas com os quatro complexos estudados. Além disso, o valor energético do inibidor DSM1 não foi afetado pelas alterações estruturais causadas pela mutação C276F, demonstrando a sua capacidade de ligação à enzima. Já se tratando do trabalho envolvendo PfTyrRS, foram encontrados seis resíduos significativos compartilhados entre os três complexos. Esses resíduos incluem Asp61, Gln73, Gln192, Gln210, Met237 e Phe63, com a maioria deles desempenhando um papel essencial na ligação do ATP. Esta descoberta permite uma compreensão abrangente da interação entre as enzimas PfDHODH e PfTyrRS, juntamente com os seus inibidores. As informações coletadas neste estudo despontam como relevantes para o desenvolvimento de novas terapias medicamentosas, podendo vir a tornar-se um auxílio na exploração de design de novas drogas antimaláricas mais elaboradas e eficazes.Dissertação Bioquímica quântica na diferenciação dos níveis de ativação de receptores AMPA por agonistas parciais Wilardina(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2015-02-26) Lima Neto, José Xavier de; Fulco, Umberto Laino; ; http://lattes.cnpq.br/9579151361576173; ; http://lattes.cnpq.br/4087097955623085; Albuquerque, Eudenilson Lins de; ; http://lattes.cnpq.br/3594651355252245; Corso, Gilberto; ; http://lattes.cnpq.br/0274040885278760; Mauriz, Paulo Wilson; ; http://lattes.cnpq.br/7636664451155498No sistema nervoso central de mamíferos, a transmissão sináptica rápida entre células nervosa é realizada primariamente pelo receptor α-amino-3-hidroxi-5-metil-4- isoxazolpropiônico (AMPA), um Receptor Ionotrópico de Glutamato, que está relacionado com a aprendizagem, memória e homeostase do sistema nervoso. Deficiências em seu funcionamento são correlacionadas com o desenvolvimento de muitas desordens cerebrais, tais como epilepsia, esquizofrenia, autismo, Parkinson e Alzheimer. O uso dos análogos de wilardina tem se mostrado uma poderosa ferramenta para o entendimento dos mecanismos de ativação e dessensibilização deste receptor, pois a modificação em um único átomo deste ligante permite a observação de variados níveis de eficácia. Neste trabalho, tirando vantagem das estruturas de Flúor Wilardina (1.35Å), Hidrogênio Wilardina (1.65Å), Bromo Wilardina (1.8Å) e Iodo Wilardina (2.15Å), co-cristalizadas com o receptor GluA2 com os códigos 1MQI, 1MQJ, 1MQH e 1MQG, respectivamente, buscou-se diferenciar energeticamente a eficácia dos quatro ligantes. Os complexos foram submetidos a cálculos energéticos baseados na teoria do funcional da densidade (DFT), sob a óptica do método do fracionamento molecular com caps conjugados (MFCC). Os resultados obtidos mostram uma relação entre os valores energéticos e a ordem de eficácia de cada wilardina (FW > HW > BrW > IW), ainda evidenciam a importância de E705, R485, Y450, S654, T655, T480 e P478 como os aminoácidos que contribuem mais fortemente com a interação dos quatro agonistas parciais wilardina. Juntamente com isto, delineamos o comportamento de M708, sendo atraído pelos ligantes FW e HW, e repelido por BrW e IW. Com os dados relatados neste trabalho, faz-se possível um melhor entendimento do receptor AMPA, o que pode servir como auxilio no desenvolvimento de novos fármacos para este sistema.Tese Cálculos AB initio de propriedades estruturais, eletrônicas e ópticas de colmpostos CaXo3 (X=Si, Ge, Sn)(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2006-12-21) Henriques Neto, José de Miranda; Costa, José Alzamir Pereira da; Freire, Valder Nogueira; ; http://lattes.cnpq.br/8647922327100953; ; http://lattes.cnpq.br/5592146590288686; ; http://lattes.cnpq.br/0396226790771119; Caetano, Ewerton Wagner; ; http://lattes.cnpq.br/6647492142392254; Albuquerque, Eudenilson Lins de; ; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4783172H5; Ferreira, Eraldo Costa; ; http://lattes.cnpq.br/0123031854564981Apresentamos neste trabalho um estudo das propriedades estruturais, eletrônicas e ópticas, em condições ambiente, dos cristais de CaSiO3, CaGeO3 e CaSnO3, todos integrantes da classe das Ca-perovskitas. Para cada um destes materiais foram obtidos, a partir de dados experimentais, a otimização da geometria cristalina, parâmetros de rede, volume da célula unitária, densidade, ângulos e distancias interatômicas, estrutura de bandas, massas efetivas de portadores, densidade de estados total e por átomo,função dielétrica, índice de refração, absorção óptica, reflectividade, condutividade óptica e função perda. Foi empregada para estas determinações cálculos de primeiros princípios dentro do formalismo da teoria do funcional da densidade, nas aproximações LDA e GGA, procedendo-se uma comparação entre os resultados alcançados nas duas abordagens, exceção feita para o CaSiO3, em que apenas o calculo com GGA não foi realizado devido ao alto custo computacional que sua estrutura cristalina com baixa simetria impôs. A bibliografia sobre a família das perovskitas, juntamente com o levantamento dos principais problemas estudados referentes a estes materiais em geral, e as Ca-perovskitas em particular, nos permite atestar a ausência de cálculos ab initio em estrutura eletrônica no contexto das principais produções cientificas relacionadas, justificando a relevância do presente trabalhoArtigo Charge transport in fibrous/not fibrous -helical and variant peptides(American Institute of Physics, 2011-01-31) Bezerril, Leonardo Mafra; Fulco, Umberto Laino; Oliveira, Jonas Ivan Nobre; Corso, Gilberto; Albuquerque, Eudenilson Lins de; Freire, V. N.; Caetano, W. S.Although differing only by the Ala→Gln substitution at the fifth or seventh position of the 3-peptide amino acid sequence Leu-Glu-Thr-Leu-Ala-Lys-Ala3, the 5Q3 variant forms fibrous assemblies more attenuated than those of the 3-peptide, while the 7Q3 variant does not form fibrils. A tight-binding transport modeling was performed to obtain their current-voltage patterns, with hopping energies of the dipeptides calculated within the density functional theory framework. Beyond the semiconductor character, we obtain that the current pattern can be used to distinguish them, suggesting that it can be useful for the development of devices as diagnostics tools for amyloidosislike diseasesTese Conducão eletrônica e propriedades termodinâmicas da molécula de DNA(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2012-05-28) Sarmento, Ricardo Gondim; Fulco, Umberto Laino; Albuquerque, Eudenilson Lins de; ; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4783172H5; ; http://lattes.cnpq.br/9579151361576173; ; http://lattes.cnpq.br/8705478077990182; Caetano, Ewerton Wagner; ; http://lattes.cnpq.br/6647492142392254; Caetano, Rodrigo Andre; ; http://lattes.cnpq.br/0780381608061662; Silva, Luciano Rodrigues da; ; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4783310Y1Nesta tese, estudamos as propriedades termo-eletrônicas da molécula de DNA. Para tal propósito, fizemos uso de três tipos de modelos com o DNA, todos assumindo uma geometria plana (2D), construídos cada um através das sequências quase-periódicas (Fibonacci e/ou Rudin-Shapiro) e de uma sequência de DNA natural, parte do cromossomo humano Ch22 . Os dois primeiros modelos apresentam dois tipos de componentes que são: as bases nitrogenadas (Guanina G, citosina C, Adenina A e Timina T) e um grupamento açúcar-fosfato (SP), enquanto o terceiro modelo apresenta somente as bases nitrogenadas. No primeiro modelo calculamos as densidades de estados utilizando o formalismo de Dyson e as transmitâncias pela equacão de Schrödinger independente do tempo. No segundo modelo fizemos uso do processo de renormalizacão para obtemos os perfis das transmitâncias e consequentemente as curvas I (corrente) _ V (voltagem). No terceiro modelo calculamos as densidades de estados pelo formalismo de Dean e utilizamos os resultados juntamente com a estatística de Fermi-Dirac para obtemos os potenciais químicos e os calores específicos quânticos. Finalmente, comparamos as propriedades físicas encontradas para as sequências quase-periódicas e para aqueles que utilizam um trecho da sequência genômica do DNA (Ch22)Tese Conexão entre as redes complexas e estatística de Kaniadakis e busca eficiente das propriedades críticas do processo epidêmico difusivo 1D(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2011-02-17) Macedo Filho, Antonio de; Silva, Luciano Rodrigues da; ; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4783310Y1; ; http://lattes.cnpq.br/5432651695056904; Albuquerque, Eudenilson Lins de; ; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4783172H5; Silva Júnior, Raimundo; ; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4790590E2; Mendes, Rênio dos Santos; ; http://lattes.cnpq.br/1048662778515772; Moreira, André Auto; ; http://lattes.cnpq.br/4417117445512655Neste trabalho, estudamos a conexão entre uma estatística não Gaussiana, a estatística de Kaniadakis, e as redes complexas. Nós mostramos que a distribuição de conectividades P(k), de uma rede livre de escala, pode ser determinada usando a maximização da entropia de informação no contexto de estatísticas não Gaussianas. Como exemplo, discutimos uma análise numérica baseada no modelo de crescimento com ligação preferencial e comparamos o comportamento numérico da distribuição de conectividade entre as estatísticas de Kaniadakis e a de Tsallis. Analisamos, ainda, o processo de propagação de epidemia em uma rede regular unidimensional. O sistema que compõe o modelo é composto de espécies A (sadios) e espécies B (doentes) que se difundem, independentemente na rede, com taxas DA e DB e seguem a regra dinâmica probabilística A+B → 2B e B → A. Este modelo, pertence à categoria de sistemas de não equilíbrio com um estado absorvente e uma transição de fase entre os estados ativo-inativo do sistema. Investigamos o comportamento crítico, usando um algoritmo auto-adaptativo para encontrar pontos críticos: o método de busca automática para pontos críticos (MBA). Comparamos nossos resultados com os correspondentes da literatura científica e encontramos que o MBA determina, com sucesso, os expoentes críticos 1/ѵ e 1/zѵ em todos os casos DA = DB, DA < DB e DA > DB. As simulações mostraram que o processo epidêmico difusivo tem os mesmos expoentes críticos encontrados no contexto da Teoria de Campo. Além disso, encontramos que, ao contrário das predições de Grupo de Renormalização, o sistema não mostra uma transição de fase descontínua para o regime DA > DBDissertação Confinamento de fónons ópticos em estruturas piezoelétricas periódicas e quasiperiódicas(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2005-11-12) Sesion Júnior, Paulo Dantas; Albuquerque, Eudenilson Lins de; ; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4783172H5; ; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4705506E0; Vasconcelos, Manoel Silva de; ; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4728584D2; Costa, José Alzamir Pereira da; ; http://lattes.cnpq.br/5592146590288686; Bezerra, Claudionor Gomes; ; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4780822H8Neste trabalho estudamos o espectro de fónons ópticos em estruturas periódicas e quasiperiódicas (tipo Fibonacci) compostas pelos nitretos da família dos semicondutores III-V (GaN and AlN) intercalados por um material dielétrico (sílica-SiO2). Devido ao desalinhamento entre as camadas da sílica e do GaN, AlN, que pode levar a deslocamentos atômicos com densidade eletrônica tão alta quanto 1010 cm−1, e uma diferença de parâmetro de rede (_ 14%), a dinâmica dos fónons será descrita por meio de um modelo teórico em que as equações eletromagnéticas e elásticas estão acopladas através do tensor piezoelétrico, ressaltando o campo de polarização piezoelétrica presente. Usamos também um tratamento de matriz transferência para simplificar a álgebra do problema, que seria, caso contrário, bastante complicada, permitindo uma expressão analítica elegante para a curva de dispersão dos fónons. Além disso, uma análise quantitativa da localização e magnitude das larguras de bandas de energia permitida no espectro dos fónos ópticos, assim como a sua lei de escala são apresentados e discutidosArtigo Crossover-behavior of the saturation magnetic fields of (100) and (110) Fe/Cr/Fe trilayers(Physics Letters A, 2006-01-27) Feitosa, Carlos Chesman de Araújo; Bezerra, Claudionor Gomes; Albuquerque, Eudenilson Lins de; Mariz, Ananias MonteiroWe use a simple and realistic theoretical model to investigate the saturation magnetic fields of ultrathin (100) and (110) Fe/Cr/Fe trilayer system. We consider the Fe films presenting magneto-crystalline anisotropies (cubic and uniaxial) and interacting through bilinear and biquadratic exchange couplings. From the equilibrium configurations, which are determined by the absolute minimum of the magnetic energy, we were able to set up field-dependent phase diagrams for the situation where the external static magnetic field H is applied in the plane of the films at an arbitrary angle θH . We have obtained the critical frontier between the saturated and non-saturated phases. Two main results should be pointed out: (i) the change of the symmetry axis according to the magneto-crystalline fields and (ii) a sudden change (on a multicritical point) of the character of the magnetic phase transitions, typical of a crossover behaviorArtigo Current–voltage characteristics of double-strand DNA sequences(Elsevier, 2009-09-07) Moreira, Darlan Araújo; Bezerril, Leonardo Mafra; Albuquerque, Eudenilson Lins de; Fulco, Umberto Laico; Oliveira, E. L. de; Sousa, J. S. deWe use a tight-binding formulation to investigate the transmissivity and the current–voltage (I–V) characteristics of sequences of double-strand DNA molecules. In order to reveal the relevance of the underlying correlations in the nucleotides distribution, we compare the results for the genomic DNA sequence with those of artificial sequences (the long-range correlated Fibonacci and Rudin–Shapiro one) and a random sequence, which is a kind of prototype of a short-range correlated system. The random sequence is presented here with the same first neighbors pair correlations of the human DNA sequence. We found that the long-range character of the correlations is important to the transmissivity spectra, although the I–V curves seem to be mostly influenced by the short-range correlationsArtigo DFT calculations of the structural, electronic, optical and vibrational properties of anhydrous orthorhombic L-threonine crystals(Elsevier, 2019) Araújo, Roniel de Lima; Vasconcelos, Manoel Silva de; Barboza, Carlos Antonio; Lima Neto, José Xavier de; Albuquerque, Eudenilson Lins de; Fulco, Umberto LainoThe structural, electronic, optical, vibrational and thermodynamic properties of the anhydrous orthorhombic L-threonine crystals are investigated by ab initio simulation using a pseudopotential approach within the density functional theory (DFT) method. We have considered both the generalized gradient approximation with dispersion correction (GGA+TS) and the local density approximation (LDA), respectively, as our exchange functionals. Within the GGA+TS calculations, an excellent agreement between the measured X-ray and our theoretical unit cell parameters was obtained, with deviations ∆a, ∆b, ∆c of -0.08 ˚A, 0.12 ˚A, and 0.01 ˚A, respectively, for an 830 eV cutoff energy. Besides, a direct-band gap E(Γ → Γ)=5.06 eV, was found in agreement with the experimental 4.96 eV result. The optical properties have been calculated considering [001] as the incidence direction of polarization of the incident light. The normal vibration’s modes, the infrared and Raman spectra of L-threonine, as well as the thermodynamic properties were also obtained and analyzedArtigo Dielectric function spectra from a nondegenerate polaron gas(Elsevier, 2007-02-07) Barboza, Carlos A.; Albuquerque, Eudenilson Lins de; Feitosa, Carlos Chesman de Araújo; Freire, V.N.A Green function formalism is employed to perform an analytical calculation of the dielectric function due to an electron–phonon interaction within a Hartree–Fock approximation. Our theoretical approach is based on the polar or Fröhlich type of electron–phonon interaction, with the electronic hopping between the first-neighbor, to characterize the polaron model. Our numerical results for the dielectric function profile show resonant peaks, all of them at lower frequencies than the main one, attributed to the polaron crossover regime between the quasi free-electrons and the small polaronsTese Os efeitos indiscriminados dos esteroides anabolizantes androgênicos no sistema cardiovascular e sua análise por bioquímica quântica(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2023-05-25) Nunes, Ana Camila Campelo de Albuquerque; Fulco, Umberto Laino; Oliveira, Jonas Ivan Nobre; https://orcid.org/0000-0003-1646-921X; http://lattes.cnpq.br/2461374517882321; https://orcid.org/0000-0002-4528-9878; http://lattes.cnpq.br/9579151361576173; http://lattes.cnpq.br/6105729519636277; Silva Júnior, Edilson Dantas da; Albuquerque, Eudenilson Lins de; Ribeiro Júnior, Luiz Antônio; Freire, Valder NogueiraOs esteroides androgênicos anabolizantes (AAA), derivados naturais e sintéticos da testosterona, são substâncias com características tanto androgênica como anabólica, que são utilizados tanto de forma clínica como também por atletas por suas propriedades anabólicas. No entanto, se questiona os efeitos anabólicos da testosterona e seus derivados, pois o que se sabe é que eles são eficazes para aumentar o desempenho e melhorar a aparência física, mesmo tendo efeitos colaterais que podem impactar sobre a saúde e o bem-estar. Esta tese apresenta duas pesquisas realizadas, uma relacionada a uma revisão narrativa e a segunda no campo da simulação ab initio, baseadas em princípios da Mecânica Quântica. O primeiro estudo expõe uma revisão narrativa através de estudos experimentais apontando os principais efeitos dos esteroides anabólicos androgênicos no sistema cardiovascular. Os artigos utilizados para esta revisão foram publicados no período de 2010 a 2019 nas bases de dados Pubmed, Scielo e em periódicos independentes, após a triagem por título e resumo, 26 artigos foram selecionados. Os resultados desta revisão permitiram ratificar que o uso de esteroides anabolizantes pode causar alterações estruturais e funcionais da musculatura cardíaca decorrente ao seu uso, por efeitos diretos e/ou indiretos, podendo provocar e perpetuar doenças cardiovasculares. O segundo estudo caracteriza o sítio de ligação dos AAA Testosterona, DHT (Di-hidrotestosterona) e THG (Tetrahydrogestrinone) em complexo com o receptor androgênico identificando as interações químicas responsáveis pela manutenção da complementariedade fármaco-receptor e avalia as mudanças que ocorrem nessas interações, utilizando a estratégia MFCC à luz do DFT e parametrizações de constantes dielétricas. Nossos resultados confirmam a importância dos resíduos de aminoácidos Asn 705, Leu707, Leu704, Leu701, Leu873, Met742, Met780, Phe764, Met745 e Thr877 para o esteroide DHT. Quando analisamos o THG, os resíduos importantes foram Arg752, Asn705, Leu873, Leu707, Leu704, Met745, Met742 e Phe764. Já para o esteroide Testosterona os resultados confirmam a importância dos resíduos de aminoácidos Asn705, Gly708, Leu704, Leu701, Leu873, Met745, Met742 Met895, Met780, Phe764, Phe876, Thr877. O método computacional utilizado no segundo estudo emerge como uma alternativa eficiente para o desenvolvimento de medicamentos e podem auxiliar na descoberta e design de ligantes antiandrogênicos aprimorados.