Programa de Pós-Graduação em Bioinformática - IMD
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Navegando Programa de Pós-Graduação em Bioinformática - IMD por Autor "Albuquerque, Eudenilson Lins de"
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Tese Estudo bioquímico quântico de interações entre o receptor androgênico, RNAr e MCL-1 e Ligantes(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2020-03-24) Bezerra, Katyanna Sales; Fulco, Umberto Laino; ; ; Galvão, Douglas Soares; ; Albuquerque, Eudenilson Lins de; ; Dalmolin, Rodrigo Juliani Siqueira; ; Freire, Valder Nogueira;Esta tese apresenta três pesquisas realizadas no campo da simulação ab initio, baseadas em princípios da Mecânica Quântica. O primeiro estudo retrata as particularidades das interações entre o receptor androgênico (RA) carregando uma mutação T877A, cuja qual promove promiscuidade no receptor, e dois fármacos antagonistas acetato de ciproterona e hidroxiflutamida (CPA e HFT) e um composto agonista (RLL). As energias de interação foram obtidas com base em métodos da química quântica baseados na Teoria do Funcional da Densidade (DFT) utilizando o método de Fragmentação com Capas Conjugadas (MFCC). Os resultados demonstram a relevância individual entre T877A-RA e os ligantes, apontando os principais resíduos que perfazem as interações. O segundo estudo apresenta a análise da interação entre RNA ribossômico 16S e a higromicina B (hygB) é um antibiótico aminoglicosídeo que afeta a translocação ribossômica, utilizando a estratégia MFCC à luz do DFT e parametrizações de constantes dielétricas. Os resultados apontaram que os nucleotídeos C1403, C1404, G1405, A1493, G1494, U1495, C1496 e U1498 tinham as energias de ligação mais negativas, tornando-os fortes candidatos para estabilizar o hygB em uma bolsa de ligação adequada da subunidade ribossômica 30S dos procariontes. Já o terceiro trabalho apresentado aqui investiga as interações entre a proteína anti-apoptótica MCL-1, a qual sua superexpressão tem a capacidade de bloquear a via de sinalização da apoptose permitindo o crescimento celular desordenado, e sete compostos químicos com potencial para inibir a proteína. A metodologia utilizada aqui também utiliza métodos quânticos baseados no DFT, além do MFCC. Os resultados apontaram que os resíduos Arg263, Met231, Val253 Phe270, Phe228, Phe254, Leu267 e Thr266 são de crucial importância para a ligação dos inibidores ao bolso hidrofóbico de MCL-1. Os métodos computacionais utilizados nos três estudos emergem como uma alternativa elegante e eficiente para o desenvolvimento de medicamentos.Tese Investigação de complexos proteína-ligante por métodos de bioquímica quântica e evolução molecular(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2022-02-21) Barbosa, Emmanuel Duarte; Fulco, Umberto Laino; Machado, Leonardo Dantas; https://orcid.org/0000-0003-1221-4228; http://lattes.cnpq.br/9253069541351708; https://orcid.org/0000-0002-4528-9878; http://lattes.cnpq.br/9579151361576173; https://orcid.org/0000-0001-8786-1281; http://lattes.cnpq.br/3372240387916364; Lima, João Paulo Matos Santos; https://orcid.org/0000-0003-1221-4228; http://lattes.cnpq.br/9253069541351708; Albuquerque, Eudenilson Lins de; https://orcid.org/0000-0002-1022-1048; http://lattes.cnpq.br/3594651355252245; Ribeiro Júnior, Luiz Antonio; Freire, Valder NogueiraEsta tese apresenta três frentes de pesquisa realizadas na esfera da modelagem molecular baseadas em princípios da Mecânica Quântica. Adicionalmente, métodos de evolução mo- lecular complementaram alguns resultados. O primeiro estudo retrata o desempenho dos resultados de energia e de custo computacional de 9 combinações de modelos baseados em DFT (DFT – do inglês, Density Functional Theory) em um sistema organometálico formado pelo cátion de zinco divalente e a enzima Porfobilinogênio Sintase PBGS. As energias de interação foram obtidas empregando o esquema de Fragmentação com Capas Conjugadas (MFCC). Os resultados do perfil de energia de interação total apresentaram diferenças quantitativas lineares, mas demonstraram-se qualitativamente uniformes. A de- pendência do tempo de processamento computacional mostrou-se mais associada à escolha do conjunto de base do que o funcional de troca e correlação. O segundo estudo apresenta uma descrição bioquímica a partir dos resultados de energia de interação obtidos no es- tudo anterior, analisando o perfil bioquímico dos resíduos mais relevantes de PBGS que interagem com o zinco. Além disso, foi feita uma análise filogenética e de agrupamento que avalia a conservação dos aminoácidos relevantes identificados no sistema zinco-PBGS. As interações intermoleculares mais importantes se deram pela participação dos aminoá- cidos CIS0122, CIS0124, CIS0132, ASP0169, SER0168, ARG0221, HIS0131, ASP0120, GLY0133, VAL0121, ARG0209 e ARG0174. Dentre esses resíduos, ASP0120, GLI0133, HIS0131, SER0168 e ARG0209 destacaram-se por ocorrer em todos os grupos gerados pela análise de agrupamento não supervisionada. Por outro lado, as cisteínas triplas a 2,5 Å do zinco (CIS0122, CIS0124 e CIS0132) apresentaram a maior de energia atração nos cálculos quânticos são ausentes nos táxons Viridiplantae, Sar, Rhodophyta e em alguns grupos de Bacteria. Já o terceiro trabalho apresentado aqui investiga as interações entre a toxina Lys49-PLA2 da peçonha de Bothrops moojeni, a qual causa necrose tecidual em vítimas de acidentes ofídicos, e dois compostos (varespladib, aspirina) com potencial para inibir a atividade miotóxica dessas proteínas. A partir desse estudo, foi possível predizer a relevância dos aminoácidos que compõem o sítio de ligação da toxina Lys49-PLA2, dentre eles pode-se citar LIS0069, LIS0049, LEU0005, ILE0009, CIS0029, GLI0030, HIS0048, PRO0018, ALA0019, CIS0045, TIR0052, TIR0022, PRO0125* e FEN0126* que anco- ram varespladib e os resíduos LIS0069, LIS0049, GLI0032, LEU0002, e LEU0005 para o composto aspirina.